Funkční studie potenciální nukleotidázy kódované genem spr1057 Streptococcus pneumoniae, homologa proteinu YjjG E. coli

Abstract

ČESKÝ ABSTRAKT Funkční studie potenciální nukleotidasy kódované genem spr1057 v Streptococcus pneumoniae, homologa proteinu YjjG Escherichia coli. Bakteriální buňky jsou neustále vystavovány nespočetným toxickým látkám, ať už z vnějšího prostředí či vedlejším produktům jejich vlastního metabolismu. Z těchto důvodů jsou bakteriální buňky vybaveny několika mechanismy, které tyto toxické látky eliminují. Jedná se hlavně o: blokaci adsorbce, transport specifickými transportéry a specifickou inaktivaci těchto látek enzymy. Zvláštní skupinu těchto toxických látek jsou modifikované nukleotidy, které mohou v bakteriální buňce přímo zabránit replikaci DNA, nebo způsobit mutace. Enzymy rozpoznávající tyto modifikované deriváty se označují jako "house-cleaning" "úklidové" nukleotidfosfatasy, působí na modifikované potenciálně mutagenní nukleotidy a zabraňují tak jejich včlenění do DNA či RNA. Část z těchto "úklidových" enzymů se řadí do skupiny haloacid dehalogenas (haloacid dehalogenase-like hydrolase superfamily), nalezených u mnoha bakteriálních druhů. Tato diplomová práce je zaměřena na funkční studii hypotetického proteinu Spr1057 Streptococcus pneumoniae o doposud neznámé funkci. Na základě sekvenčního srovnání vyplynulo, že Spr1057 má významnou podobnost s proteinem YjjG Escherichia coli. Analýza transkriptomu...

ANGLICKÝ ABSTRAKT Functional study of the putative nucleotidase encoded by spr1057 gene in Streptococcus pneumoniae, a likely homolog of Escherichia coli protein YjjG. Bacterial cells are constantly exposed to innumerable toxic substances, either in their external environment or by by-products of their own metabolism. For these reasons, the bacterial cells evolved several mechanisms to cope with this challenge. These mechanisms are represented by: blocking the uptake, export by specific transporters as well as specific inactivation of these substance by enzymes. A particular group of these toxic substances are noncanonica nucleotides, which can directly inhibit bacterial cell DNA replication or can result in increased mutation rate. Enzymes recognizing these modified derivatives are known as "house-cleaning" nucleotide phsphateses, which can inactivate the potentially mutagenic nucleotides and prevent their incorporation into DNA and RNA. Some of the "house- cleaning" enzymes belong to a group of haloacid dehalogenase enzymes (haloacid dehalogenase-like hydrolase superfamily), which are found in many bacterial species. This thesis is focused on the function of hypothetical protein Spr1057 of Streptococcus pneumoniae with an unknown function. Sequence comparison revealed that Spr1057 has a significant...