Zobrazit minimální záznam

Drug Repurposing by Exploiting Single-Cell Transcriptome Data
dc.contributor.advisorValihrach, Lukáš
dc.creatorRýdlová, Magdaléna
dc.date.accessioned2025-07-08T10:18:09Z
dc.date.available2025-07-08T10:18:09Z
dc.date.issued2025
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/200210
dc.description.abstractDe novo drug development represents an exceedingly complex, time-consuming, and expensive process. Drug repurposing, utilizing large-scale transcriptomic datasets, has emerged as a promising alternative, accelerating the entire drug development pipeline. The recent introduction of single-cell RNA profiling technologies has presented a potential improvement to the process, offering insights into the expression of individual genes at the level of individual cells. However, the full potential of this technology for drug repurposing is yet to be realized. This bachelor thesis explores the challenges and opportunities associated with leveraging single-cell transcriptomics to identify new drug indications. Emphasizing the critical role of single-cell transcriptomics, the thesis navigates through databases, tools, and strategies in drug repurposing. In a case study, the selected analysis tool is applied to identify new drug candidates for the treatment of ischemic brain injury, utilizing our own single-cell transcriptomic data from a mouse model. In summary, this thesis aims to provide insights into the possibilities of single- cell transcriptomics in computational drug repurposing and to propose novel drug candidates for the treatment of ischemic brain injury. Keywords: Drug repurposing; single-cell...en_US
dc.description.abstractDe novo vývoj léčiv představuje mimořádně složitý, časově náročný a nákladný proces. Použití stávajících léku v nové indikaci, tzv. repurposing léčiv, využívající rozsáhlé transkriptomové soubory dat, se ukázal jako slibná alternativa, která by mohla celý proces vývoje urychlit. Nedávné zavedení technologií profilování RNA v jednotlivých buňkách přišlo s příslibem potenciálního zlepšení tohoto procesu díky možnosti stanovení exprese jednotlivých genů na úrovni jednotlivých buněk. Plný potenciál této technologie pro repurposing léčiv však ještě nebyl zcela využit. Cílem této bakalářské práce je shrnout výzvy a příležitosti spojené s použitím jednobuněčné transkriptomiky k identifikaci nových indikací léků. S důrazem na kritickou roli transkriptomiky jednotlivých buněk práce poskytuje přehled o databázích, nástrojích a strategiích pro repurposing léčiv. V případové studii je vybraný přístup použit k identifikaci nových kandidátů pro léčbu ischemického poškození mozku, s využitím vlastních transkriptomových dat. Shrnuto, tato práce si klade za cíl poskytnout vhled do možností transkriptomiky jednotlivých buněk při repurposingu léčiv a navrhnout nové kandidáty na léky pro léčbu mozkové mrtvice. Klíčová slova: Repurposing léčiv; jednobuněčná transkriptomika; datová analýzacs_CZ
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectDrug repurposingen_US
dc.subjectsingle-cell transcriptomicsen_US
dc.subjectdata analysisen_US
dc.subjectRepurposing léčivcs_CZ
dc.subjectjednobuněčná transkriptomikacs_CZ
dc.subjectdatová analýzacs_CZ
dc.titleIdentifikace nových indikací léčiv pomocí analýzy transkriptomu jednotlivých buněkcs_CZ
dc.typebakalářská prácecs_CZ
dcterms.created2025
dcterms.dateAccepted2025-06-17
dc.description.departmentDepartment of Genetics and Microbiologyen_US
dc.description.departmentKatedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.identifier.repId266107
dc.title.translatedDrug Repurposing by Exploiting Single-Cell Transcriptome Dataen_US
dc.contributor.refereeKurucová, Terézia
thesis.degree.nameBc.
thesis.degree.levelbakalářskécs_CZ
thesis.degree.disciplineBioinformaticsen_US
thesis.degree.disciplineBioinformatikacs_CZ
thesis.degree.programBioinformatikacs_CZ
thesis.degree.programBioinformaticsen_US
uk.thesis.typebakalářská prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Genetics and Microbiologyen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csBioinformatikacs_CZ
uk.degree-discipline.enBioinformaticsen_US
uk.degree-program.csBioinformatikacs_CZ
uk.degree-program.enBioinformaticsen_US
thesis.grade.csVelmi dobřecs_CZ
thesis.grade.enVery gooden_US
uk.abstract.csDe novo vývoj léčiv představuje mimořádně složitý, časově náročný a nákladný proces. Použití stávajících léku v nové indikaci, tzv. repurposing léčiv, využívající rozsáhlé transkriptomové soubory dat, se ukázal jako slibná alternativa, která by mohla celý proces vývoje urychlit. Nedávné zavedení technologií profilování RNA v jednotlivých buňkách přišlo s příslibem potenciálního zlepšení tohoto procesu díky možnosti stanovení exprese jednotlivých genů na úrovni jednotlivých buněk. Plný potenciál této technologie pro repurposing léčiv však ještě nebyl zcela využit. Cílem této bakalářské práce je shrnout výzvy a příležitosti spojené s použitím jednobuněčné transkriptomiky k identifikaci nových indikací léků. S důrazem na kritickou roli transkriptomiky jednotlivých buněk práce poskytuje přehled o databázích, nástrojích a strategiích pro repurposing léčiv. V případové studii je vybraný přístup použit k identifikaci nových kandidátů pro léčbu ischemického poškození mozku, s využitím vlastních transkriptomových dat. Shrnuto, tato práce si klade za cíl poskytnout vhled do možností transkriptomiky jednotlivých buněk při repurposingu léčiv a navrhnout nové kandidáty na léky pro léčbu mozkové mrtvice. Klíčová slova: Repurposing léčiv; jednobuněčná transkriptomika; datová analýzacs_CZ
uk.abstract.enDe novo drug development represents an exceedingly complex, time-consuming, and expensive process. Drug repurposing, utilizing large-scale transcriptomic datasets, has emerged as a promising alternative, accelerating the entire drug development pipeline. The recent introduction of single-cell RNA profiling technologies has presented a potential improvement to the process, offering insights into the expression of individual genes at the level of individual cells. However, the full potential of this technology for drug repurposing is yet to be realized. This bachelor thesis explores the challenges and opportunities associated with leveraging single-cell transcriptomics to identify new drug indications. Emphasizing the critical role of single-cell transcriptomics, the thesis navigates through databases, tools, and strategies in drug repurposing. In a case study, the selected analysis tool is applied to identify new drug candidates for the treatment of ischemic brain injury, utilizing our own single-cell transcriptomic data from a mouse model. In summary, this thesis aims to provide insights into the possibilities of single- cell transcriptomics in computational drug repurposing and to propose novel drug candidates for the treatment of ischemic brain injury. Keywords: Drug repurposing; single-cell...en_US
uk.file-availabilityV
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
thesis.grade.code2
dc.contributor.consultantAbaffy, Pavel
uk.publication-placePrahacs_CZ
uk.thesis.defenceStatusO


Soubory tohoto záznamu

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

Tento záznam se objevuje v následujících sbírkách

Zobrazit minimální záznam


© 2025 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV