Zobrazit minimální záznam

Use of DNA metabarcoding and proteomics for dust allergen analysis
dc.contributor.advisorErban, Tomáš
dc.creatorŠafaříková, Linda
dc.date.accessioned2025-07-01T10:23:17Z
dc.date.available2025-07-01T10:23:17Z
dc.date.issued2025
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/199766
dc.description.abstractThis thesis focuses on an innovative approach combining two high-throughput methods, DNA metabarcoding and bottom-up proteomic analysis, for the detection and identification of allergens in dust, including risk organisms. The theoretical part focuses on the composition of dust, its physicochemical properties and the main groups of allergens and the main agents such as dust mites, fungi, bacteria and various environmental particles. The methodological part deals with the possibilities of dust particle sampling, detection methods and identification of allergens. As a more effective alternative to immunochemical methods, proteomic analysis is presented, which allows comprehensive identification of a wide range of proteins and allergens, including potential uncharacterized allergens and proteins indicating the presence of risk microorganisms. A modern approach involving DNA sequencing is described as a complementary method that provides detailed information on the taxonomic composition of samples, which significantly improves the accuracy of identification at the protein level. The practical part of the work combines proteomic and genomic analysis for detailed characterization of the dust samples. Optimization of the DNA isolation protocol was performed, followed by successful sequencing of the...en_US
dc.description.abstractTato diplomová práce se zaměřuje na inovativní přístup kombinující dvě vysokokapacitní metody, DNA metabarkódování a bottom-up proteomickou analýzu pro detekci a identifikaci alergenů v prachu včetně rizikových organismů. Teoretická část se zaměřuje na složení prachu, jeho fyzikálně-chemické vlastnosti a hlavní skupiny alergenů a původce alergenů jako jsou roztoči, houby, bakterie a různé environmentální částice. Metodická část se věnuje možnostem vzorkování prachových částic, metodám detekce a identifikaci alergenů. Jako efektivnější alternativa k imunochemickým metodám je představena proteomická analýza, která umožňuje komplexní identifikaci širokého spektra proteinů a alergenů, včetně potenciálních dosud necharakterizovaných alergenů a proteinů indikujících přítomnost rizikových mikroorganismů. Moderní přístup zahrnující DNA sekvenování je popsán jako komplementární metoda, která poskytuje detailní informace o taxonomickém složení vzorků, což výrazně zlepšuje přesnost identifikace na proteinové úrovni. Praktická část práce kombinuje proteomickou a genomickou analýzu pro detailní charakterizaci prachových vzorků. Byla provedena optimalizace protokolu izolace DNA, následně bylo provedeno úspěšné sekvenování amplifikovaných 16S rRNA a 18S rRNA genů, které poskytlo informace o prokaryotických a...cs_CZ
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectdusten_US
dc.subjectallergensen_US
dc.subjectproteomic analysisen_US
dc.subjectmetabarcodingen_US
dc.subjectDNAen_US
dc.subjectproteinsen_US
dc.subjectprachcs_CZ
dc.subjectalergenycs_CZ
dc.subjectproteomická analýzacs_CZ
dc.subjectmetabarkódovánícs_CZ
dc.subjectDNAcs_CZ
dc.subjectproteinycs_CZ
dc.titleVyužití DNA metabarkódování a proteomiky pro analýzu alergenů v prachucs_CZ
dc.typediplomová prácecs_CZ
dcterms.created2025
dcterms.dateAccepted2025-06-04
dc.description.departmentDepartment of Analytical Chemistryen_US
dc.description.departmentKatedra analytické chemiecs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.identifier.repId266548
dc.title.translatedUse of DNA metabarcoding and proteomics for dust allergen analysisen_US
dc.contributor.refereeŠiroká, Romana
thesis.degree.nameMgr.
thesis.degree.levelnavazující magisterskécs_CZ
thesis.degree.disciplineAnalytical Chemistryen_US
thesis.degree.disciplineAnalytická chemiecs_CZ
thesis.degree.programAnalytická chemiecs_CZ
thesis.degree.programAnalytical Chemistryen_US
uk.thesis.typediplomová prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra analytické chemiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Analytical Chemistryen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csAnalytická chemiecs_CZ
uk.degree-discipline.enAnalytical Chemistryen_US
uk.degree-program.csAnalytická chemiecs_CZ
uk.degree-program.enAnalytical Chemistryen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csTato diplomová práce se zaměřuje na inovativní přístup kombinující dvě vysokokapacitní metody, DNA metabarkódování a bottom-up proteomickou analýzu pro detekci a identifikaci alergenů v prachu včetně rizikových organismů. Teoretická část se zaměřuje na složení prachu, jeho fyzikálně-chemické vlastnosti a hlavní skupiny alergenů a původce alergenů jako jsou roztoči, houby, bakterie a různé environmentální částice. Metodická část se věnuje možnostem vzorkování prachových částic, metodám detekce a identifikaci alergenů. Jako efektivnější alternativa k imunochemickým metodám je představena proteomická analýza, která umožňuje komplexní identifikaci širokého spektra proteinů a alergenů, včetně potenciálních dosud necharakterizovaných alergenů a proteinů indikujících přítomnost rizikových mikroorganismů. Moderní přístup zahrnující DNA sekvenování je popsán jako komplementární metoda, která poskytuje detailní informace o taxonomickém složení vzorků, což výrazně zlepšuje přesnost identifikace na proteinové úrovni. Praktická část práce kombinuje proteomickou a genomickou analýzu pro detailní charakterizaci prachových vzorků. Byla provedena optimalizace protokolu izolace DNA, následně bylo provedeno úspěšné sekvenování amplifikovaných 16S rRNA a 18S rRNA genů, které poskytlo informace o prokaryotických a...cs_CZ
uk.abstract.enThis thesis focuses on an innovative approach combining two high-throughput methods, DNA metabarcoding and bottom-up proteomic analysis, for the detection and identification of allergens in dust, including risk organisms. The theoretical part focuses on the composition of dust, its physicochemical properties and the main groups of allergens and the main agents such as dust mites, fungi, bacteria and various environmental particles. The methodological part deals with the possibilities of dust particle sampling, detection methods and identification of allergens. As a more effective alternative to immunochemical methods, proteomic analysis is presented, which allows comprehensive identification of a wide range of proteins and allergens, including potential uncharacterized allergens and proteins indicating the presence of risk microorganisms. A modern approach involving DNA sequencing is described as a complementary method that provides detailed information on the taxonomic composition of samples, which significantly improves the accuracy of identification at the protein level. The practical part of the work combines proteomic and genomic analysis for detailed characterization of the dust samples. Optimization of the DNA isolation protocol was performed, followed by successful sequencing of the...en_US
uk.file-availabilityN
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra analytické chemiecs_CZ
thesis.grade.code1
dc.contributor.consultantVyskočil, Vlastimil
uk.publication-placePrahacs_CZ
dc.date.embargoEndDate05-05-2027
uk.embargo.reasonOchrana informací chráněných zvláštním zákonemcs
uk.embargo.reasonProtection of information protected by a special lawen
uk.thesis.defenceStatusO


Soubory tohoto záznamu

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

Tento záznam se objevuje v následujících sbírkách

Zobrazit minimální záznam


© 2025 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV