Zavedení a optimalizace metod pro sledování minimální diseminované nemoci u pacientů s ALCL.

Abstract

Anaplastický velkobuněčný lymfom (ALCL) představuje vzácnou formu non-Hodgkinova lymfomu, která se primárně vyskytuje u dětské populace a je ve většině případů charakterizována přítomností fúzního transkriptu NPM1::ALK. Tento transkript slouží jako klíčový molekulární marker pro detekci minimální reziduální nemoci (MRN), jejíž monitorování má zásadní prognostický význam. Primárním cílem této práce bylo zavedení nové metody digitální PCR (dPCR) pro kvantifikaci NPM1::ALK a následné porovnání její senzitivity s běžně používanou metodou kvantitativní PCR (qPCR). Výsledky této studie potvrzují, že dPCR je vhodnou metodou pro citlivou a specifickou detekci fúzních transkriptů u pacientů s ALK+ ALCL, a tvoří základ pro její možné začlenění do rutinního sledování MRN, neboť vykazuje vyšší analytickou senzitivitu a nižší míru ovlivnění inhibicí ve srovnání s qPCR. Dále byla v rámci studie testována a potvrzena korelace mezi změnami hladin MRN, vztaženými k referenčnímu genu, a klinickým vývojem klinického stavu pacienta v čase. Zároveň byla vyvrácena hypotéza o možnosti vynechání referenčního genu při použití dPCR. Součástí práce bylo rovněž navržení a otestování univerzální sondy pro detekci méně časté fúze TPM3::ALK. Současně bylo provedeno srovnání detekce NPM1::ALK ve vzorcích kostní dřeně a periferní...

Anaplastic large cell lymphoma (ALCL) is a rare subtype of non-Hodgkin lymphoma that primarily affects the pediatric population and is most commonly characterized by the presence of the NPM1::ALK fusion transcript. This transcript serves as a crucial molecular marker for the detection of minimal residual disease (MRD), which has significant prognostic value. The primary objective of this study was to implement a novel digital PCR (dPCR) method for the quantification of NPM1::ALK and to compare its sensitivity with the routinely used quantitative PCR (qPCR) technique. The results confirm that dPCR is a suitable method for the sensitive and specific detection of fusion transcripts in patients with ALK-positive ALCL and provides a solid basis for its potential application in routine MRD monitoring, as it shows higher analytical sensitivity and is less affected by inhibition compared to quantitative PCR. In addition, this study investigated and confirmed the correlation between changes in MRD levels, normalised to a reference gene, and the patient's clinical status over time. At the same time, the hypothesis of the dispensability of a reference gene in dPCR was refuted. The study also involved the design and validation of a universal probe for the detection of the less common TPM3::ALK fusion....