Analýza střevní mikrobioty v různých částech trávicího traktu u vybraných zástupců rodu Mus z pohledu životního stylu, genetické příbuznosti a sociálních vztahů

Abstract

The vertebrate gastrointestinal microbiota (GM) affects host health, physiology, and shapes sig- nificantly its host's phenotype, including fitness-related traits. Conversely, GM composition is shaped by host genetics, but also by environment, and inter-individual transmission. Most of the knowledge on GM-host interactions comes from specific pathogen-free models whose microbiota is highly altered compared to free-living populations of this species, which are surprisingly understudied in this respect. In the studies that together form the presented thesis, GM diversity and composition in house mice (Mus musculus) was investigated in three gut sections (ileum, caecum, colon) and under different ecological and social conditions, using 16S rRNA sequencing on Illumina. First, the GM (both bacterial and fungal) of synanthropic M. musculus and its non-commensal relative, M. spicilegus, was compared. A total of 11 bacterial lineages showed differential abundance between the two host species. Interestingly, M. spicilegus harbored a higher bacterial diversity and a significantly higher abundance of Oscillospira, a bacterial genus associated with outdoor and lean ani- mals. This suggests that adaptation to commensalism with humans leads to shifts in gut bacterial com- munity composition. In contrast, the...

Gastrointestinální mikrobiota obratlovců (GM) ovlivňuje zdraví a fyziologii hostitele a výrazně formuje jeho fenotyp, včetně znaků souvisejících s fitness. Naopak složení GM je utvářeno genetickým pozadím hostitele, ale také prostředím či sociálním přenosem. Většina poznatků o interakcích mezi GM a hostitelem pochází z výzkumu na laboratorních modelech myši domácí, jejichž mikrobiota je značně odlišná od mikrobioty volně žijících populací tohoto druhu, které jsou v tomto ohledu překvapivě málo prozkoumané. Předkládaná práce se proto věnuje aspektům, které ovlivňují GM myši domácí, konkrétně vlivu synantropie, genetické příbuznosti a sociálních kontaktů, pomocí sekvenování 16S rRNA na plat- formě Illumina. Složení a diverzita GM u myší domácích (Mus musculus) byly zkoumány ve třech čás- tech střeva (ileum, caecum, colon) a za různých ekologických a sociálních podmínek. Nejprve byla porovnána GM (bakterie i houby) synantropního druhu M. musculus a jeho nesy- nantropního příbuzného M. spicilegus. Celkem 11 bakteriálních linií vykazovalo rozdílnou abundanci mezi těmito dvěma hostitelskými druhy. Stojí za pozornost, že M. spicilegus měla vyšší bakteriální di- verzitu a významně vyšší zastoupení rodu Oscillospira, bakteriálního rodu spojovaného s venkovním prostředím a štíhlými zvířaty. To naznačuje, že...