Phylogenetic, Biogeographic and Taxonomic investigations within the freshwater fish Family Nemacheilidae (Cypriniformes: Cobitoidea)

Abstract

With over 800 species, the family Nemacheilidae is one of the biggest families of primary freshwater fishes. Distributed nearly across whole Eurasia and with two species in northeast Africa, the family offers a rich subject for phylogenetic, biogeographic and taxonomic investigations. This doctoral thesis aims to untangle phylogenetic relationships within Nemacheilidae at multiple taxonomic levels. The thesis comprises five articles published in peer-reviewed journals and one preprint currently undergoing revision. The main article presented here as a preprint provides the most comprehensive phylogenetic overview of the family Nemacheilidae to date and first extensive reconstruction of its biogeographic history. The study covers most of the distribution area of the family and significant portion of its taxonomic diversity, including 36 of the 49 recognized genera and over 250 species. The results of the phylogenetic analyses reveal several polyphyletic species and genera and several undescribed taxa. Six major clades were identified within the family. The reconstructed biogeographic history highlights the influence of local as well as global tectonic, geological, geographical and climatic events on the evolutionary history of Nemacheilidae. Three of the five published articles are focused on the...

Čeleď Nemacheilidae je s více než 800 druhy jednou z největších primárně sladkovodních čeledí ryb. Díky svému rozšíření téměř po celé Eurasii, s výjimkou dvou druhů žijících v severovýchodní Africe, poskytuje tato čeleď bohatý subjekt pro rekonstrukci fylogenetických vztahů, biogeografie a taxonomie. Cílem této disertační práce je objasnit fylogenetické vztahy v rámci čeledi Nemacheilidae na několika různých taxonomických úrovních. Práce obsahuje pět publikací v impaktovaných časopisech a jeden článek aktuálně procházející recenzním řízením. Hlavní publikace, která je zde prezentována jako článek v recenzním řízení, nabízí zatím nejvíce ucelený fylogenetický přehled a první rozsáhlejší rekonstrukci biogeografické historie. Tato studie pokrývá většinu areálu rozšíření čeledi a významnou část její taxonomické diverzity: zahrnuje 36 ze 49 známých rodů a více než 250 druhů. Výsledky fylogenetických analýz odhalily několik polyfyletických druhů i rodů a zároveň identifikovaly několik dosud nepopsaných druhů. V rámci čeledi bylo identifikováno šest hlavních linií. Výsledky rekonstrukce biogeografické historie poukázaly na výrazný vliv lokálních i globálních tektonických, geologických, geografických a klimatických událostí na evoluční historii čeledi Nemacheilidae. Trojice z pěti již publikovaných článků se...