Structural insights into 14-3-3 dependent regulation of ubiquitin ligase Nedd4-2

Tekel, Andrej

Strukturní náhled na regulaci ubikvitin ligázy Nedd4-2 prostřednictvím proteinu 14-3-3

dc.contributor.advisor	Obšilová, Veronika
dc.creator	Tekel, Andrej
dc.date.accessioned	2024-11-29T15:12:52Z
dc.date.available	2024-11-29T15:12:52Z
dc.date.issued	2024
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/20.500.11956/190706
dc.description.abstract	Cesta eukaryotického proteinu obvykle začíná v ribozomu a končí v proteazomu. To, co se odehrává mezi tím, představuje velkou rozmanitost funkcí, které umožňují život, ale osudem většiny proteinů je, že jsou nakonec rozloženy. Klíčovou součástí tohoto procesu jsou ubikvitinové ligázy. Cílem této práce je poskytnout bližší vhled do molekulární podstaty regulace jednoho takového proteinu, Nedd4-2. Nedd4-2 je členem podrodiny Nedd4 v rámci rodiny ubikvitinových ligáz HECT. Jeho nejznámějším cílem ubikvitinace je epitelový sodíkový kanál ENaC. Bylo zjištěno, že 14-3-3 protein a vápník modulují tuto a další interakce Nedd4-2, ale stále zbývá zodpovědět mnoho otázek týkající se strukturní podstaty této regulace. S cílem přinést více poznatků na molekulární úrovni jsme provedli měření pomocí maloúhlového rozptylu rentgenového záření, analytické ultracentrifugace a vodíko- deuteriové výměny. Naše závěry přinášejí nové poznatky v oblasti ubikvitinových ligáz a lze je například uplatnit v nové perspektivní oblasti návrhu léčiv typu PRO- TAC. Klíčová slova: Nedd4-2, protein 14-3-3, vápník, interakce proteinů	cs_CZ
dc.description.abstract	The journey of an eukaryotic protein typically begins in a ribosome and ends in a proteasome. What happens in between is a great diversity of functions that makes life possible, but the fate of most proteins is to be eventually degraded. A key components in this process are ubiquitin ligases. This thesis aims to provide more insight into the molecular basis of regulation of one such protein, the Nedd4-2. Nedd4-2 is a member of the Nedd4 subfamily within the HECT family of ubiquitin ligases. Its most famous ubiquitination target is the Epithelial sodium channel, ENaC. It was reported that 14-3-3 protein and calcium modulate this and other interactions of Nedd4-2, but many questions remain to be answered about the structural basis of this regulation. Aiming to bring more insight at the molecular level, we performed measurements of small-angle x-ray scattering, analytical ultracentrifugation and hydrogen-deuterium exchange. Our conclusions bring new understanding in the area of ubiquitin ligases and for example can be applied in the new promising field of PROTAC drug design. Keywords: Nedd4-2, 14-3-3 protein, calcium, protein interactions	en_US
dc.language	English	cs_CZ
dc.language.iso	en_US
dc.publisher	Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta	cs_CZ
dc.subject	Nedd4-2	en_US
dc.subject	14-3-3 protein	en_US
dc.subject	calcium	en_US
dc.subject	protein interactions	en_US
dc.subject	Nedd4-2	cs_CZ
dc.subject	14-3-3 protein	cs_CZ
dc.subject	vápník	cs_CZ
dc.subject	interakce proteinů	cs_CZ
dc.title	Structural insights into 14-3-3 dependent regulation of ubiquitin ligase Nedd4-2	en_US
dc.type	diplomová práce	cs_CZ
dcterms.created	2024
dcterms.dateAccepted	2024-06-11
dc.description.department	Department of Physical and Macromolecular Chemistry	en_US
dc.description.department	Katedra fyzikální a makromol. chemie	cs_CZ
dc.description.faculty	Přírodovědecká fakulta	cs_CZ
dc.description.faculty	Faculty of Science	en_US
dc.identifier.repId	259094
dc.title.translated	Strukturní náhled na regulaci ubikvitin ligázy Nedd4-2 prostřednictvím proteinu 14-3-3	cs_CZ
dc.contributor.referee	Bouřa, Evžen
thesis.degree.name	Mgr.
thesis.degree.level	navazující magisterské	cs_CZ
thesis.degree.discipline	Biophysical Chemistry	en_US
thesis.degree.discipline	Biofyzikální chemie	cs_CZ
thesis.degree.program	Physical Chemistry	en_US
thesis.degree.program	Fyzikální chemie	cs_CZ
uk.thesis.type	diplomová práce	cs_CZ
uk.taxonomy.organization-cs	Přírodovědecká fakulta::Katedra fyzikální a makromol. chemie	cs_CZ
uk.taxonomy.organization-en	Faculty of Science::Department of Physical and Macromolecular Chemistry	en_US
uk.faculty-name.cs	Přírodovědecká fakulta	cs_CZ
uk.faculty-name.en	Faculty of Science	en_US
uk.faculty-abbr.cs	PřF	cs_CZ
uk.degree-discipline.cs	Biofyzikální chemie	cs_CZ
uk.degree-discipline.en	Biophysical Chemistry	en_US
uk.degree-program.cs	Fyzikální chemie	cs_CZ
uk.degree-program.en	Physical Chemistry	en_US
thesis.grade.cs	Výborně	cs_CZ
thesis.grade.en	Excellent	en_US
uk.abstract.cs	Cesta eukaryotického proteinu obvykle začíná v ribozomu a končí v proteazomu. To, co se odehrává mezi tím, představuje velkou rozmanitost funkcí, které umožňují život, ale osudem většiny proteinů je, že jsou nakonec rozloženy. Klíčovou součástí tohoto procesu jsou ubikvitinové ligázy. Cílem této práce je poskytnout bližší vhled do molekulární podstaty regulace jednoho takového proteinu, Nedd4-2. Nedd4-2 je členem podrodiny Nedd4 v rámci rodiny ubikvitinových ligáz HECT. Jeho nejznámějším cílem ubikvitinace je epitelový sodíkový kanál ENaC. Bylo zjištěno, že 14-3-3 protein a vápník modulují tuto a další interakce Nedd4-2, ale stále zbývá zodpovědět mnoho otázek týkající se strukturní podstaty této regulace. S cílem přinést více poznatků na molekulární úrovni jsme provedli měření pomocí maloúhlového rozptylu rentgenového záření, analytické ultracentrifugace a vodíko- deuteriové výměny. Naše závěry přinášejí nové poznatky v oblasti ubikvitinových ligáz a lze je například uplatnit v nové perspektivní oblasti návrhu léčiv typu PRO- TAC. Klíčová slova: Nedd4-2, protein 14-3-3, vápník, interakce proteinů	cs_CZ
uk.abstract.en	The journey of an eukaryotic protein typically begins in a ribosome and ends in a proteasome. What happens in between is a great diversity of functions that makes life possible, but the fate of most proteins is to be eventually degraded. A key components in this process are ubiquitin ligases. This thesis aims to provide more insight into the molecular basis of regulation of one such protein, the Nedd4-2. Nedd4-2 is a member of the Nedd4 subfamily within the HECT family of ubiquitin ligases. Its most famous ubiquitination target is the Epithelial sodium channel, ENaC. It was reported that 14-3-3 protein and calcium modulate this and other interactions of Nedd4-2, but many questions remain to be answered about the structural basis of this regulation. Aiming to bring more insight at the molecular level, we performed measurements of small-angle x-ray scattering, analytical ultracentrifugation and hydrogen-deuterium exchange. Our conclusions bring new understanding in the area of ubiquitin ligases and for example can be applied in the new promising field of PROTAC drug design. Keywords: Nedd4-2, 14-3-3 protein, calcium, protein interactions	en_US
uk.file-availability	N
uk.grantor	Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra fyzikální a makromol. chemie	cs_CZ
thesis.grade.code	1
dc.contributor.consultant	Obšil, Tomáš
uk.publication-place	Praha	cs_CZ
dc.date.embargoEndDate	11-06-2025
uk.embargo.reason	Protection of information protected by a special law	en
uk.embargo.reason	Ochrana informací chráněných zvláštním zákonem	cs
uk.thesis.defenceStatus	O