Zobrazit minimální záznam

Modifikace nukleových kyselin reaktivními skupinami pro biokonjugace a cross-linkování s peptidy a proteiny obsahující lysin
dc.creatorIvancová, Ivana
dc.date.accessioned2024-08-19T10:03:50Z
dc.date.available2024-08-19T10:03:50Z
dc.date.issued2023
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/180102
dc.description.abstractV první části dizertační práce jsem vyvinula reaktivní DNA sondu pro selektivní cross- linkování s lysinovými zbytky DNA vazebních proteinů. Připravila jsem 2'-deoxycytidin 5'-O- monofosfát a trifosfát nesoucí v poloze 5 squramátovou skupinu navázanou přes propargylaminovou spojku. Monofosfát byl použit jako modelová sloučenina na testování reaktivity tohoto smíšeného squaramátu v cross-linkových reakcích s lysinem a krátkými peptidy obsahujícími lysin. Squaramátem modifikovaný 2'-deoxycytidin 5'-O-trifosfát byl dobrým substrátem pro KOD XL polymerázu pro enzymovou syntézu DNA metodou extenze primeru (PEX) a taky metodou polymerázové řetězové reakce (PCR). Squaramátem modifikovaná DNA tvoří stabilní diamidové vazby s primárními aminy. Reaktivitu modifikované DNA jsem testovala v biokonjugačních reakcích se sulfo-Cy5- aminem a s peptidy obsahujícími lysin. Poté byla squaramátem modifikovaná DNA úspěšně kovalentně připojena k histonovým proteinům bohatým na lysin. Reaktivní, squaramátem modifikovaný nukleotid vykazoval potenciál pro další biokonjugační reakce nukleových kyselin s aminy nebo lysin obsahujícími peptidy a proteiny bez potřeby externího činidla. Na základě pozitivních výsledků experimentů se squaramátem modifikovanou DNA, jsem v druhé části práce vyvinula a připravila squaramátem...cs_CZ
dc.description.abstractIn the first part of this thesis, I developed reactive DNA probe for selective cross-linking with lysine residues of DNA-binding proteins. I synthesized 2'-deoxycytidine 5'-O-mono- and triphosphate bearing squaramate moiety tethered to the position 5 via propargylamine linker. The monophosphate was used as a model compound to test the reactivity of this mixed squaramate in cross-linking reactions with lysine and short lysine containing peptides. Squaramate modified 2'-deoxycytidine 5'-O-triphosphate was found to be suitable substrate for KOD XL polymerase in both PEX and PCR synthesis of modified DNA. Squaramate modified DNA forms stable diamide linkage with primary amines. I tested the reactivity of this DNA probe in bioconjugation reactions with sulfo-Cy5-amine and lysine containing peptides. Afterwards, squaramate-linked DNA was successfully cross-linked with lysine rich histone proteins. This reactive squaramate modified nucleotide showed potential for following bioconjugation reactions of nucleic acids with amines or lysine containing peptides and proteins without the need of external reagent. Based on positive results of experiments with squaramate modified DNA, in the second part of the thesis I developed and synthesized squaramate modified ribonucleotide to study cross- linking with RNA...en_US
dc.languageEnglishcs_CZ
dc.language.isoen_US
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectDNAcs_CZ
dc.subjectRNAcs_CZ
dc.subjectbiokonjugacecs_CZ
dc.subjectDNAen_US
dc.subjectRNAen_US
dc.subjectbioconjugationen_US
dc.titleModification of nucleic acids by reactive groups for bioconjugations and cross-linking with lysine-containing peptides and proteinsen_US
dc.typerigorózní prácecs_CZ
dcterms.created2023
dcterms.dateAccepted2023-04-03
dc.description.departmentDepartment of Organic Chemistryen_US
dc.description.departmentKatedra organické chemiecs_CZ
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.identifier.repId257285
dc.title.translatedModifikace nukleových kyselin reaktivními skupinami pro biokonjugace a cross-linkování s peptidy a proteiny obsahující lysincs_CZ
thesis.degree.nameRNDr.
thesis.degree.levelrigorózní řízenícs_CZ
thesis.degree.disciplineOrganic Chemistryen_US
thesis.degree.disciplineOrganická chemiecs_CZ
thesis.degree.programOrganic Chemistryen_US
thesis.degree.programOrganická chemiecs_CZ
uk.thesis.typerigorózní prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra organické chemiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Organic Chemistryen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csOrganická chemiecs_CZ
uk.degree-discipline.enOrganic Chemistryen_US
uk.degree-program.csOrganická chemiecs_CZ
uk.degree-program.enOrganic Chemistryen_US
thesis.grade.csUznánocs_CZ
thesis.grade.enRecognizeden_US
uk.abstract.csV první části dizertační práce jsem vyvinula reaktivní DNA sondu pro selektivní cross- linkování s lysinovými zbytky DNA vazebních proteinů. Připravila jsem 2'-deoxycytidin 5'-O- monofosfát a trifosfát nesoucí v poloze 5 squramátovou skupinu navázanou přes propargylaminovou spojku. Monofosfát byl použit jako modelová sloučenina na testování reaktivity tohoto smíšeného squaramátu v cross-linkových reakcích s lysinem a krátkými peptidy obsahujícími lysin. Squaramátem modifikovaný 2'-deoxycytidin 5'-O-trifosfát byl dobrým substrátem pro KOD XL polymerázu pro enzymovou syntézu DNA metodou extenze primeru (PEX) a taky metodou polymerázové řetězové reakce (PCR). Squaramátem modifikovaná DNA tvoří stabilní diamidové vazby s primárními aminy. Reaktivitu modifikované DNA jsem testovala v biokonjugačních reakcích se sulfo-Cy5- aminem a s peptidy obsahujícími lysin. Poté byla squaramátem modifikovaná DNA úspěšně kovalentně připojena k histonovým proteinům bohatým na lysin. Reaktivní, squaramátem modifikovaný nukleotid vykazoval potenciál pro další biokonjugační reakce nukleových kyselin s aminy nebo lysin obsahujícími peptidy a proteiny bez potřeby externího činidla. Na základě pozitivních výsledků experimentů se squaramátem modifikovanou DNA, jsem v druhé části práce vyvinula a připravila squaramátem...cs_CZ
uk.abstract.enIn the first part of this thesis, I developed reactive DNA probe for selective cross-linking with lysine residues of DNA-binding proteins. I synthesized 2'-deoxycytidine 5'-O-mono- and triphosphate bearing squaramate moiety tethered to the position 5 via propargylamine linker. The monophosphate was used as a model compound to test the reactivity of this mixed squaramate in cross-linking reactions with lysine and short lysine containing peptides. Squaramate modified 2'-deoxycytidine 5'-O-triphosphate was found to be suitable substrate for KOD XL polymerase in both PEX and PCR synthesis of modified DNA. Squaramate modified DNA forms stable diamide linkage with primary amines. I tested the reactivity of this DNA probe in bioconjugation reactions with sulfo-Cy5-amine and lysine containing peptides. Afterwards, squaramate-linked DNA was successfully cross-linked with lysine rich histone proteins. This reactive squaramate modified nucleotide showed potential for following bioconjugation reactions of nucleic acids with amines or lysine containing peptides and proteins without the need of external reagent. Based on positive results of experiments with squaramate modified DNA, in the second part of the thesis I developed and synthesized squaramate modified ribonucleotide to study cross- linking with RNA...en_US
uk.file-availabilityN
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra organické chemiecs_CZ
thesis.grade.codeU
uk.publication-placePrahacs_CZ
dc.date.embargoEndDate23-12-2024
uk.embargo.reasonProtection of intellectual property, particularly protection of inventions or technical solutionsen
uk.embargo.reasonOchrana duševního vlastnictví, zejména ochrana vynálezů či technických řešenícs
uk.thesis.defenceStatusU
dc.identifier.lisID9925816007306986


Soubory tohoto záznamu

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

Tento záznam se objevuje v následujících sbírkách

Zobrazit minimální záznam


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV