Vyvozování demografické historie populací z genomových dat

Simandlová, Sára

Inferring the demographic history of populations from genomic data

dc.contributor.advisor	Reifová, Radka
dc.creator	Simandlová, Sára
dc.date.accessioned	2022-04-11T09:25:49Z
dc.date.available	2022-04-11T09:25:49Z
dc.date.issued	2021
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/20.500.11956/149167
dc.description.abstract	V současné době není obtížné získat genomová data i z nemodelových organismů. Tato data nám mohou přinést informace o demografické historii populací. Bylo vyvinuto mnoho statistických vyvozovacích postupů k odvození demografické historie populací z genomových dat, jejichž popisem se zabývám v této bakalářské práci. V úvodu čtenáře seznamuji s důležitými pojmy při analýze demografické historie populací. Dále popisuji různé typy genomových dat, která se dají použít k vyvozování demografické historie populací. Následně diskutuji statistické metody, mezi které patří metody založené na datech z frekvenčního spektra míst, metody využívající aproximační Bayesovský výpočet, metody pro určování identity a sekvenční Markovovy koalescenční metody. Poskytuji základní přehled teorie a logiky každého přístupu. Poté uvádím postupy při výběru vyvozovacích metod. Klíčová slova: populační genetika, demografická inference, statistická inference, celo- genomová data	cs_CZ
dc.description.abstract	Currently, it is not difficult to obtain genomic data even from non-model organisms. These data can give us information about the demographic history of populations. Many statistical inference methods have been developed to infer the demographic history of populations from genomic data, which I describe in this bachelor thesis. At first, I introduce the reader to important concepts in analyzing the demographic history of populations. I then describe the different types of genomic data that can be used to infer the demographic history of populations. Next, I discuss statistical methods, which include methods based on site frequency spectrum data, methods using approximate Bayesian computation, methods for determining identity, and sequential Markov coalescent methods. I provide a basic overview of the theory and logic of each approach. I then present procedures for selecting inference methods. Keywords: population genetics, demographic inference, statistical inference, whole genome data	en_US
dc.language	Čeština	cs_CZ
dc.language.iso	cs_CZ
dc.publisher	Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta	cs_CZ
dc.subject	population genetics	en_US
dc.subject	demographic inference	en_US
dc.subject	statistical inference	en_US
dc.subject	whole genome data	en_US
dc.subject	populační genetika	cs_CZ
dc.subject	demografická inference	cs_CZ
dc.subject	statistická inference	cs_CZ
dc.subject	celogenomová data	cs_CZ
dc.title	Vyvozování demografické historie populací z genomových dat	cs_CZ
dc.type	bakalářská práce	cs_CZ
dcterms.created	2021
dcterms.dateAccepted	2021-09-14
dc.description.department	Department of Cell Biology	en_US
dc.description.department	Katedra buněčné biologie	cs_CZ
dc.description.faculty	Faculty of Science	en_US
dc.description.faculty	Přírodovědecká fakulta	cs_CZ
dc.identifier.repId	222267
dc.title.translated	Inferring the demographic history of populations from genomic data	en_US
dc.contributor.referee	Černá Bolfíková, Barbora
thesis.degree.name	Bc.
thesis.degree.level	bakalářské	cs_CZ
thesis.degree.discipline	Bioinformatika	cs_CZ
thesis.degree.discipline	Bioinformatics	en_US
thesis.degree.program	Bioinformatika	cs_CZ
thesis.degree.program	Bioinformatics	en_US
uk.thesis.type	bakalářská práce	cs_CZ
uk.taxonomy.organization-cs	Přírodovědecká fakulta::Katedra buněčné biologie	cs_CZ
uk.taxonomy.organization-en	Faculty of Science::Department of Cell Biology	en_US
uk.faculty-name.cs	Přírodovědecká fakulta	cs_CZ
uk.faculty-name.en	Faculty of Science	en_US
uk.faculty-abbr.cs	PřF	cs_CZ
uk.degree-discipline.cs	Bioinformatika	cs_CZ
uk.degree-discipline.en	Bioinformatics	en_US
uk.degree-program.cs	Bioinformatika	cs_CZ
uk.degree-program.en	Bioinformatics	en_US
thesis.grade.cs	Neprospěl/a	cs_CZ
thesis.grade.en	Fail	en_US
uk.abstract.cs	V současné době není obtížné získat genomová data i z nemodelových organismů. Tato data nám mohou přinést informace o demografické historii populací. Bylo vyvinuto mnoho statistických vyvozovacích postupů k odvození demografické historie populací z genomových dat, jejichž popisem se zabývám v této bakalářské práci. V úvodu čtenáře seznamuji s důležitými pojmy při analýze demografické historie populací. Dále popisuji různé typy genomových dat, která se dají použít k vyvozování demografické historie populací. Následně diskutuji statistické metody, mezi které patří metody založené na datech z frekvenčního spektra míst, metody využívající aproximační Bayesovský výpočet, metody pro určování identity a sekvenční Markovovy koalescenční metody. Poskytuji základní přehled teorie a logiky každého přístupu. Poté uvádím postupy při výběru vyvozovacích metod. Klíčová slova: populační genetika, demografická inference, statistická inference, celo- genomová data	cs_CZ
uk.abstract.en	Currently, it is not difficult to obtain genomic data even from non-model organisms. These data can give us information about the demographic history of populations. Many statistical inference methods have been developed to infer the demographic history of populations from genomic data, which I describe in this bachelor thesis. At first, I introduce the reader to important concepts in analyzing the demographic history of populations. I then describe the different types of genomic data that can be used to infer the demographic history of populations. Next, I discuss statistical methods, which include methods based on site frequency spectrum data, methods using approximate Bayesian computation, methods for determining identity, and sequential Markov coalescent methods. I provide a basic overview of the theory and logic of each approach. I then present procedures for selecting inference methods. Keywords: population genetics, demographic inference, statistical inference, whole genome data	en_US
uk.file-availability	V
uk.grantor	Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra buněčné biologie	cs_CZ
thesis.grade.code	4
uk.publication-place	Praha	cs_CZ
uk.thesis.defenceStatus	N