Mechanisms of immune dysregulation leading to inflammatory bowel disease

Horáčková, Klára

Mechanismy imunitní dysregulace vedoucí k nespecifickému střevnímu zánětu

dc.contributor.advisor	Froňková, Eva
dc.creator	Horáčková, Klára
dc.date.accessioned	2023-07-10T07:14:31Z
dc.date.available	2023-07-10T07:14:31Z
dc.date.issued	2020
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/20.500.11956/122688
dc.description.abstract	Bc. Klára Horáčková DIPLOMA THESIS Mechanisms of immune dysregulation leading to inflammatory bowel disease Abstract Inflammatory bowel disease (IBD) is a complex disorder characterized by chronic inflammation of the gastrointestinal tract. Classical IBD is a multifactorial disease with adulthood or later-childhood onset. However, children with very early onset IBD (VEO-IBD, before 6 years of age) are a specific cohort, whose pathology can be caused by severe genetic defects in genes connected to immune homeostasis in the gut. We aimed to identify the causal genetic variants in 20 pediatric patients diagnosed with IBD (age of onset from 3 to 154 months) using whole exome sequencing (WES). We evaluated several bioinformatical approaches for WES data analysis. This included a comparison of two methods of variant identification using VarScan2 or GATK4-based tools. Furthermore, we compared 4 gene lists ("virtual panels") for variant filtering, one of which was compiled purposefully for this thesis. We identified and validated via segregation analysis 5 causal variants in 4 genes (DUOX2 compound heterozygote, FOXP3, NLRP3 and NOD2) accounting for 20 % of the cohort. NOD2 (p.A755V) variant has already been reported in IBD cases, while DUOX2 (p.R1216W + p.A1131T), FOXP3 (p.H400L) and NLRP3 (p.V200M) were newly...	en_US
dc.description.abstract	Bc. Klára Horáčková DIPLOMOVÁ PRÁCE Mechanismy imunitní dysregulace vedoucí k nespecifickému střevnímu zánětu Abstrakt Nespecifický střevní zánět (IBD) je chronické zánětlivé onemocnění gastrointestinálního traktu. Klasický IBD má multifaktoriální charakter s nástupem v dospělosti nebo pozdním dětství. Dětští pacienti s velmi brzkým nástupem (VEO-IBD, do 6 let věku) jsou ale specifickou podskupinou, jejíž onemocnění je často způsobené závažnými mutacemi v genech souvisejících s imunitní homeostázou ve střevech. Cílem této práce bylo identifikovat kauzální genetické varianty u 20 pacientů s pediatrickým IBD (s nástupem onemocnění od 3 do 154 měsíců) s využitím celoexomového sekvenování.. Vyhodnocovali jsme použití několika bioinformatických postupů pro zpracování celoexomových dat. To zahrnovalo porovnání rozdílů v identifikaci variant pomocí dvou bioinformatických postupů využívajících v prvním případě nástroje VarScan2 nebo ve druhém případě založeném na GATK4. Také jsme srovnávali úspešnost filtrování nalezených kauzálních variant pomocí čtyř virtuálních panelů genů, z nichž jeden panel byl vytvořen speciálně pro účely této diplomové práce. Identifikovali a validovali jsme 5 kauzálních variant ve 4 genech (DUOX2 složený heterozygot, FOXP3, NLRP3 and NOD2), které zastupují 20 % z analyzované kohorty...	cs_CZ
dc.language	English	cs_CZ
dc.language.iso	en_US
dc.publisher	Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta	cs_CZ
dc.subject	whole exome sequencing	en_US
dc.subject	inflammatory bowel disease	en_US
dc.subject	primary immunodeficiency	en_US
dc.subject	immune dysregulation	en_US
dc.subject	celoexomové sekvenování	cs_CZ
dc.subject	nespecifický střevní zánět	cs_CZ
dc.subject	primární imunodeficience	cs_CZ
dc.subject	imunitní dysregulace	cs_CZ
dc.title	Mechanisms of immune dysregulation leading to inflammatory bowel disease	en_US
dc.type	diplomová práce	cs_CZ
dcterms.created	2020
dcterms.dateAccepted	2020-07-10
dc.description.department	Katedra buněčné biologie	cs_CZ
dc.description.department	Department of Cell Biology	en_US
dc.description.faculty	Faculty of Science	en_US
dc.description.faculty	Přírodovědecká fakulta	cs_CZ
dc.identifier.repId	198269
dc.title.translated	Mechanismy imunitní dysregulace vedoucí k nespecifickému střevnímu zánětu	cs_CZ
dc.contributor.referee	Filipp, Dominik
thesis.degree.name	Mgr.
thesis.degree.level	navazující magisterské	cs_CZ
thesis.degree.discipline	Imunologie	cs_CZ
thesis.degree.discipline	Immunology	en_US
thesis.degree.program	Biologie	cs_CZ
thesis.degree.program	Biology	en_US
uk.thesis.type	diplomová práce	cs_CZ
uk.taxonomy.organization-cs	Přírodovědecká fakulta::Katedra buněčné biologie	cs_CZ
uk.taxonomy.organization-en	Faculty of Science::Department of Cell Biology	en_US
uk.faculty-name.cs	Přírodovědecká fakulta	cs_CZ
uk.faculty-name.en	Faculty of Science	en_US
uk.faculty-abbr.cs	PřF	cs_CZ
uk.degree-discipline.cs	Imunologie	cs_CZ
uk.degree-discipline.en	Immunology	en_US
uk.degree-program.cs	Biologie	cs_CZ
uk.degree-program.en	Biology	en_US
thesis.grade.cs	Výborně	cs_CZ
thesis.grade.en	Excellent	en_US
uk.abstract.cs	Bc. Klára Horáčková DIPLOMOVÁ PRÁCE Mechanismy imunitní dysregulace vedoucí k nespecifickému střevnímu zánětu Abstrakt Nespecifický střevní zánět (IBD) je chronické zánětlivé onemocnění gastrointestinálního traktu. Klasický IBD má multifaktoriální charakter s nástupem v dospělosti nebo pozdním dětství. Dětští pacienti s velmi brzkým nástupem (VEO-IBD, do 6 let věku) jsou ale specifickou podskupinou, jejíž onemocnění je často způsobené závažnými mutacemi v genech souvisejících s imunitní homeostázou ve střevech. Cílem této práce bylo identifikovat kauzální genetické varianty u 20 pacientů s pediatrickým IBD (s nástupem onemocnění od 3 do 154 měsíců) s využitím celoexomového sekvenování.. Vyhodnocovali jsme použití několika bioinformatických postupů pro zpracování celoexomových dat. To zahrnovalo porovnání rozdílů v identifikaci variant pomocí dvou bioinformatických postupů využívajících v prvním případě nástroje VarScan2 nebo ve druhém případě založeném na GATK4. Také jsme srovnávali úspešnost filtrování nalezených kauzálních variant pomocí čtyř virtuálních panelů genů, z nichž jeden panel byl vytvořen speciálně pro účely této diplomové práce. Identifikovali a validovali jsme 5 kauzálních variant ve 4 genech (DUOX2 složený heterozygot, FOXP3, NLRP3 and NOD2), které zastupují 20 % z analyzované kohorty...	cs_CZ
uk.abstract.en	Bc. Klára Horáčková DIPLOMA THESIS Mechanisms of immune dysregulation leading to inflammatory bowel disease Abstract Inflammatory bowel disease (IBD) is a complex disorder characterized by chronic inflammation of the gastrointestinal tract. Classical IBD is a multifactorial disease with adulthood or later-childhood onset. However, children with very early onset IBD (VEO-IBD, before 6 years of age) are a specific cohort, whose pathology can be caused by severe genetic defects in genes connected to immune homeostasis in the gut. We aimed to identify the causal genetic variants in 20 pediatric patients diagnosed with IBD (age of onset from 3 to 154 months) using whole exome sequencing (WES). We evaluated several bioinformatical approaches for WES data analysis. This included a comparison of two methods of variant identification using VarScan2 or GATK4-based tools. Furthermore, we compared 4 gene lists ("virtual panels") for variant filtering, one of which was compiled purposefully for this thesis. We identified and validated via segregation analysis 5 causal variants in 4 genes (DUOX2 compound heterozygote, FOXP3, NLRP3 and NOD2) accounting for 20 % of the cohort. NOD2 (p.A755V) variant has already been reported in IBD cases, while DUOX2 (p.R1216W + p.A1131T), FOXP3 (p.H400L) and NLRP3 (p.V200M) were newly...	en_US
uk.file-availability	V
uk.grantor	Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra buněčné biologie	cs_CZ
thesis.grade.code	1
dc.contributor.consultant	Svatoň, Michael
uk.publication-place	Praha	cs_CZ
uk.thesis.defenceStatus	O
dc.identifier.lisID	990023874050106986