In silico studium interakcí selektivních modulátorů estrogenových receptorů s vybranými receptory

Abramenko, Nikita

In silico study of interactions between selective estrogen receptor modulators and selected receptors

dc.contributor.advisor	Jakubek, Milan
dc.creator	Abramenko, Nikita
dc.date.accessioned	2025-02-13T09:57:26Z
dc.date.available	2025-02-13T09:57:26Z
dc.date.issued	2025
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/20.500.11956/196649
dc.description.abstract	CZ Disertační práce se zaměřuje zejména na studium interakcí estrogenů a selektivních modulátorů estrogenových receptorů (SERM) s vybranými SARS-CoV-2 proteázami a imunitními kontrolními body. V poslední době se ukazuje, že estrogeny a SERM vedle modulace aktivity estrogenových receptorů mohou být relevantní i v případě další biologické aktivity. Bylo pozorováno, že průběh některých patologických stavů (např. během onemocnění COVID-19, nebo reakce imunitní odpovědi na zánět) mohou být odlišné pro mužské a ženské pacienty. Studium role estrogenů by v těchto případech mohlo přispět k jejich hlubšímu pochopení. Zároveň získané poznatky v rámci experimentální činnosti přispívají k rozšíření terapeutické aplikovatelnosti SERM. Práce také ukazuje interakci estrogenů a vybraných SERM s SARS-CoV-2 proteázami (Mpro a PLpro) a imunitními kontrolními body (např. PD-1 a CTLA-4) a jejich ligandy (PD- L1 a CD80) pomocí moderních přístupů a využití metodik in silico. Provedené kvantově mechanické studie ukázaly potenciální inhibiční účinek molekul estronu a estriolu vůči SARS- CoV-2 proteázám (Mpro a PLpro) a estradiolu vůči PD-1/PD-L1 signalizační dráze. Výsledky zároveň ukázaly potenciál inhibičního účinku na SARS-CoV-2 proteázy a PD-1/PD-L1 interakce v kombinaci s klinicky používanými léčivy (např....	cs_CZ
dc.description.abstract	EN The thesis is focused primarily on studying the interactions between estrogens and selective estrogen receptor modulators (SERMs) with selected SARS-CoV-2 proteases and immune checkpoints. This focus arises from recent findings suggesting that estrogens and SERMs, aside from modulating estrogen receptor activity, may also be relevant for other biological activities. It has been observed that the course of certain pathological conditions (e.g., during COVID-19) or immune responses may differ between male and female patients. Studying the role of estrogens in these cases could contribute to a deeper understanding. Furthermore, the experimental findings expand the therapeutic applicability of SERMs. The work also demonstrates the interaction of estrogens and selected SERMs with SARS-CoV-2 proteases (Mpro and PLpro) and immune checkpoints (e.g., PD-1 and CTLA-4) and their ligands (PD-L1 and CD80) using modern approaches and in silico methodologies. Quantum mechanical studies showed a potential inhibitory effect of estrone and estriol molecules on SARS-CoV-2 proteases (Mpro and PLpro) and of estradiol on the PD-1/PD-L1 signaling pathway. The results also indicated a potential inhibitory effect on SARS-CoV-2 proteases and PD-1/PD-L1 interactions in combination with clinically used drugs (e.g....	en_US
dc.language	Čeština	cs_CZ
dc.language.iso	cs_CZ
dc.publisher	Univerzita Karlova, 1. lékařská fakulta	cs_CZ
dc.subject	SERM	cs_CZ
dc.subject	estrogen	cs_CZ
dc.subject	SARS-CoV-2	cs_CZ
dc.subject	proteáza	cs_CZ
dc.subject	imunitní signální bod	cs_CZ
dc.subject	SERM	en_US
dc.subject	estrogen	en_US
dc.subject	SARS-CoV-2	en_US
dc.subject	protease	en_US
dc.subject	immune checkpoint signaling	en_US
dc.title	In silico studium interakcí selektivních modulátorů estrogenových receptorů s vybranými receptory	cs_CZ
dc.type	dizertační práce	cs_CZ
dcterms.created	2025
dcterms.dateAccepted	2025-01-23
dc.description.department	BIOCEV, First Faculty of Medicine, Charles University	en_US
dc.description.department	BIOCEV, 1. LF UK	cs_CZ
dc.description.faculty	1. lékařská fakulta	cs_CZ
dc.description.faculty	First Faculty of Medicine	en_US
dc.identifier.repId	273442
dc.title.translated	In silico study of interactions between selective estrogen receptor modulators and selected receptors	en_US
dc.contributor.referee	Mikula, Ivan
dc.contributor.referee	Kratochvílová, Monika
thesis.degree.name	Ph.D.
thesis.degree.level	doktorské	cs_CZ
thesis.degree.discipline	Biochemistry and Pathobiochemistry	en_US
thesis.degree.discipline	Biochemie a patobiochemie	cs_CZ
thesis.degree.program	Biochemistry and Pathobiochemistry	en_US
thesis.degree.program	Biochemie a patobiochemie	cs_CZ
uk.thesis.type	dizertační práce	cs_CZ
uk.taxonomy.organization-cs	1. lékařská fakulta::BIOCEV, 1. LF UK	cs_CZ
uk.taxonomy.organization-en	First Faculty of Medicine::BIOCEV, First Faculty of Medicine, Charles University	en_US
uk.faculty-name.cs	1. lékařská fakulta	cs_CZ
uk.faculty-name.en	First Faculty of Medicine	en_US
uk.faculty-abbr.cs	1.LF	cs_CZ
uk.degree-discipline.cs	Biochemie a patobiochemie	cs_CZ
uk.degree-discipline.en	Biochemistry and Pathobiochemistry	en_US
uk.degree-program.cs	Biochemie a patobiochemie	cs_CZ
uk.degree-program.en	Biochemistry and Pathobiochemistry	en_US
thesis.grade.cs	Prospěl/a	cs_CZ
thesis.grade.en	Pass	en_US
uk.abstract.cs	CZ Disertační práce se zaměřuje zejména na studium interakcí estrogenů a selektivních modulátorů estrogenových receptorů (SERM) s vybranými SARS-CoV-2 proteázami a imunitními kontrolními body. V poslední době se ukazuje, že estrogeny a SERM vedle modulace aktivity estrogenových receptorů mohou být relevantní i v případě další biologické aktivity. Bylo pozorováno, že průběh některých patologických stavů (např. během onemocnění COVID-19, nebo reakce imunitní odpovědi na zánět) mohou být odlišné pro mužské a ženské pacienty. Studium role estrogenů by v těchto případech mohlo přispět k jejich hlubšímu pochopení. Zároveň získané poznatky v rámci experimentální činnosti přispívají k rozšíření terapeutické aplikovatelnosti SERM. Práce také ukazuje interakci estrogenů a vybraných SERM s SARS-CoV-2 proteázami (Mpro a PLpro) a imunitními kontrolními body (např. PD-1 a CTLA-4) a jejich ligandy (PD- L1 a CD80) pomocí moderních přístupů a využití metodik in silico. Provedené kvantově mechanické studie ukázaly potenciální inhibiční účinek molekul estronu a estriolu vůči SARS- CoV-2 proteázám (Mpro a PLpro) a estradiolu vůči PD-1/PD-L1 signalizační dráze. Výsledky zároveň ukázaly potenciál inhibičního účinku na SARS-CoV-2 proteázy a PD-1/PD-L1 interakce v kombinaci s klinicky používanými léčivy (např....	cs_CZ
uk.abstract.en	EN The thesis is focused primarily on studying the interactions between estrogens and selective estrogen receptor modulators (SERMs) with selected SARS-CoV-2 proteases and immune checkpoints. This focus arises from recent findings suggesting that estrogens and SERMs, aside from modulating estrogen receptor activity, may also be relevant for other biological activities. It has been observed that the course of certain pathological conditions (e.g., during COVID-19) or immune responses may differ between male and female patients. Studying the role of estrogens in these cases could contribute to a deeper understanding. Furthermore, the experimental findings expand the therapeutic applicability of SERMs. The work also demonstrates the interaction of estrogens and selected SERMs with SARS-CoV-2 proteases (Mpro and PLpro) and immune checkpoints (e.g., PD-1 and CTLA-4) and their ligands (PD-L1 and CD80) using modern approaches and in silico methodologies. Quantum mechanical studies showed a potential inhibitory effect of estrone and estriol molecules on SARS-CoV-2 proteases (Mpro and PLpro) and of estradiol on the PD-1/PD-L1 signaling pathway. The results also indicated a potential inhibitory effect on SARS-CoV-2 proteases and PD-1/PD-L1 interactions in combination with clinically used drugs (e.g....	en_US
uk.file-availability	N
uk.grantor	Univerzita Karlova, 1. lékařská fakulta, BIOCEV, 1. LF UK	cs_CZ
thesis.grade.code	P
dc.contributor.consultant	Martásek, Pavel
uk.publication-place	Praha	cs_CZ
dc.date.embargoEndDate	24-01-2028
uk.embargo.reason	Ochrana duševního vlastnictví, zejména ochrana vynálezů či technických řešení	cs
uk.embargo.reason	Protection of intellectual property, particularly protection of inventions or technical solutions	en
uk.thesis.defenceStatus	O