Regulation of canonical Wnt signaling

Šopin, Tijana

Regulace kanonické Wnt signalizace

dc.contributor.advisor	Vacík, Tomáš
dc.creator	Šopin, Tijana
dc.date.accessioned	2024-11-29T06:45:10Z
dc.date.available	2024-11-29T06:45:10Z
dc.date.issued	2024
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/20.500.11956/195729
dc.description.abstract	Přesná rovnováha kanonické Wnt signalizace je klíčová pro různé biologické procesy a její narušení může vést k vývojovým abnormalitám nebo onemocněním. Naše studie ukazuje, že alternativní izoformy KDM2A a KDM2B lysin demetyláz (KDM2A/B) hrají roli v negativní regulaci kanonické Wnt signalizace. Tyto izoformy (KDM2A-SF a KDM2B-SF) postrádají N- terminální demetylázovou doménu, ale zachovávají si schopnost vázat se na CpG ostrůvky v promotorech a interagovat s jejich proteinovými partnery prostřednictvím jiných funkčních domén. Pozorovali jsme, že KDM2A-SF a KDM2B-SF se vážou na promotory genů AXIN2 a CYKLIND1, dvou cílových genů kanonické Wnt signalizace, a potlačují jejich aktivitu. Kromě toho KDM2A- SF i KDM2B-SF silně potlačují luciferázový reportér kanonické Wnt aktivity. Transkripční represe zprostředkovaná skrze KDM2A-SF a KDM2B-SF je závislá na jejich DNA vazebné doméně, zatímco N-terminální demetylázová doména není pro tento proces nezbytná. Je zajímavé, že KDM2B nedokáže potlačit promotory jak endogenních cílových genů kanonické Wnt signalizace, tak luciferázového Wnt reportéru. Dále jsme ukázali, že jak KDM2A/B, tak jejich krátké izoformy interagují s TCF7L1, jedním ze čtyř transkripčních mediátorů kanonické Wnt signalizace. Navzdory zásadní roli transkripčních faktorů TCF/LEF v kanonické...	cs_CZ
dc.description.abstract	The precise balance of canonical Wnt signaling is crucial for various biological processes, and its disturbance can lead to developmental abnormalities or diseases. Our study demonstrates that alternative isoforms of the KDM2A and KDM2B lysine demethylases (KDM2A/B) play a role in negatively regulating canonical Wnt signaling. These isoforms (KDM2A-SF and KDM2B-SF) lack the N-terminal demethylase domain but retain the ability to bind to CpG islands in promoters and interact with their protein partners through other functional domains. We observed that KDM2A-SF and KDM2B-SF bind to the promoters of the AXIN2 and CYCLIND1 genes, two target genes of canonical Wnt signaling, and suppress their activity. Additionally, both KDM2A-SF and KDM2B-SF strongly repress a Wnt-responsive luciferase reporter. The transcriptional repression mediated by KDM2A-SF and KDM2B-SF relies on their DNA binding domain, while the N- terminal demethylase domain is not essential for this process. Interestingly, KDM2B fails to repress the promoters of both the endogenous canonical Wnt signaling target genes and the luciferase Wnt reporter. Furthermore, we demonstrate that both KDM2A/B and their short isoforms interact with TCF7L1, one of the four transcriptional mediators of canonical Wnt signaling. Despite the essential role of...	en_US
dc.language	English	cs_CZ
dc.language.iso	en_US
dc.publisher	Univerzita Karlova, 1. lékařská fakulta	cs_CZ
dc.subject	canonical Wnt signaling	en_US
dc.subject	KDM2A	en_US
dc.subject	KDM2B	en_US
dc.subject	alternative isoforms	en_US
dc.subject	Wnt target genes	en_US
dc.subject	TCF	en_US
dc.subject	LEF	en_US
dc.subject	proteasomal degradation	en_US
dc.subject	neddylation	en_US
dc.subject	ubiquitination	en_US
dc.subject	kanonická Wnt signalizace	cs_CZ
dc.subject	KDM2A	cs_CZ
dc.subject	KDM2B	cs_CZ
dc.subject	alternativní izoformy	cs_CZ
dc.subject	cílové geny Wnt	cs_CZ
dc.subject	TCF	cs_CZ
dc.subject	LEF	cs_CZ
dc.subject	proteasomální degradace	cs_CZ
dc.subject	neddylace	cs_CZ
dc.subject	ubikvitinace	cs_CZ
dc.title	Regulation of canonical Wnt signaling	en_US
dc.type	dizertační práce	cs_CZ
dcterms.created	2024
dcterms.dateAccepted	2024-09-24
dc.description.department	Institute of Biology and Medical Genetics First Faculty of Medicine Charles University and General University Hospital in Prague	en_US
dc.description.department	Ústav biologie a lékařské genetiky 1. LF UK a VFN	cs_CZ
dc.description.faculty	1. lékařská fakulta	cs_CZ
dc.description.faculty	First Faculty of Medicine	en_US
dc.identifier.repId	229483
dc.title.translated	Regulace kanonické Wnt signalizace	cs_CZ
dc.contributor.referee	Šeda, Ondřej
dc.contributor.referee	Stixová, Lenka
thesis.degree.name	Ph.D.
thesis.degree.level	doktorské	cs_CZ
thesis.degree.discipline	Cell Biology and Pathology	en_US
thesis.degree.discipline	Biologie a patologie buňky	cs_CZ
thesis.degree.program	Cell Biology and Pathology	en_US
thesis.degree.program	Biologie a patologie buňky	cs_CZ
uk.thesis.type	dizertační práce	cs_CZ
uk.taxonomy.organization-cs	1. lékařská fakulta::Ústav biologie a lékařské genetiky 1. LF UK a VFN	cs_CZ
uk.taxonomy.organization-en	First Faculty of Medicine::Institute of Biology and Medical Genetics First Faculty of Medicine Charles University and General University Hospital in Prague	en_US
uk.faculty-name.cs	1. lékařská fakulta	cs_CZ
uk.faculty-name.en	First Faculty of Medicine	en_US
uk.faculty-abbr.cs	1.LF	cs_CZ
uk.degree-discipline.cs	Biologie a patologie buňky	cs_CZ
uk.degree-discipline.en	Cell Biology and Pathology	en_US
uk.degree-program.cs	Biologie a patologie buňky	cs_CZ
uk.degree-program.en	Cell Biology and Pathology	en_US
thesis.grade.cs	Prospěl/a	cs_CZ
thesis.grade.en	Pass	en_US
uk.abstract.cs	Přesná rovnováha kanonické Wnt signalizace je klíčová pro různé biologické procesy a její narušení může vést k vývojovým abnormalitám nebo onemocněním. Naše studie ukazuje, že alternativní izoformy KDM2A a KDM2B lysin demetyláz (KDM2A/B) hrají roli v negativní regulaci kanonické Wnt signalizace. Tyto izoformy (KDM2A-SF a KDM2B-SF) postrádají N- terminální demetylázovou doménu, ale zachovávají si schopnost vázat se na CpG ostrůvky v promotorech a interagovat s jejich proteinovými partnery prostřednictvím jiných funkčních domén. Pozorovali jsme, že KDM2A-SF a KDM2B-SF se vážou na promotory genů AXIN2 a CYKLIND1, dvou cílových genů kanonické Wnt signalizace, a potlačují jejich aktivitu. Kromě toho KDM2A- SF i KDM2B-SF silně potlačují luciferázový reportér kanonické Wnt aktivity. Transkripční represe zprostředkovaná skrze KDM2A-SF a KDM2B-SF je závislá na jejich DNA vazebné doméně, zatímco N-terminální demetylázová doména není pro tento proces nezbytná. Je zajímavé, že KDM2B nedokáže potlačit promotory jak endogenních cílových genů kanonické Wnt signalizace, tak luciferázového Wnt reportéru. Dále jsme ukázali, že jak KDM2A/B, tak jejich krátké izoformy interagují s TCF7L1, jedním ze čtyř transkripčních mediátorů kanonické Wnt signalizace. Navzdory zásadní roli transkripčních faktorů TCF/LEF v kanonické...	cs_CZ
uk.abstract.en	The precise balance of canonical Wnt signaling is crucial for various biological processes, and its disturbance can lead to developmental abnormalities or diseases. Our study demonstrates that alternative isoforms of the KDM2A and KDM2B lysine demethylases (KDM2A/B) play a role in negatively regulating canonical Wnt signaling. These isoforms (KDM2A-SF and KDM2B-SF) lack the N-terminal demethylase domain but retain the ability to bind to CpG islands in promoters and interact with their protein partners through other functional domains. We observed that KDM2A-SF and KDM2B-SF bind to the promoters of the AXIN2 and CYCLIND1 genes, two target genes of canonical Wnt signaling, and suppress their activity. Additionally, both KDM2A-SF and KDM2B-SF strongly repress a Wnt-responsive luciferase reporter. The transcriptional repression mediated by KDM2A-SF and KDM2B-SF relies on their DNA binding domain, while the N- terminal demethylase domain is not essential for this process. Interestingly, KDM2B fails to repress the promoters of both the endogenous canonical Wnt signaling target genes and the luciferase Wnt reporter. Furthermore, we demonstrate that both KDM2A/B and their short isoforms interact with TCF7L1, one of the four transcriptional mediators of canonical Wnt signaling. Despite the essential role of...	en_US
uk.file-availability	V
uk.grantor	Univerzita Karlova, 1. lékařská fakulta, Ústav biologie a lékařské genetiky 1. LF UK a VFN	cs_CZ
thesis.grade.code	P
uk.publication-place	Praha	cs_CZ
uk.thesis.defenceStatus	O