Spektroskopické studium struktury a interakcí miRNA

Abstract

MiRNA jsou krátké molekuly RNA post-transkripčně regulující genovou expresi prostřednictvím vazby na cílovou mRNA. V této práci byly především spektroskopickými metodami, dále pak pomocí gelové elektroforézy, charakterizovány některé strukturní vlastnosti a termodynamické parametry (teplota tání, změna entalpie ∆H a entropie ∆S při přechodu mezi jednotlivými konformacemi) oligonukleotidů simulujících komplex miRNA a mRNA. Byly měřeny teplotní závislosti UV a Ramanových spekter, výsledky zpracovány pomocí faktorové analýzy a fitem na vhodný model určeny zmíněné termodynamické parametry. Výsledky ukázaly možnosti těchto metod pro určování termodynamických a strukturních vlastností nekanonických komplexů RNA. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)

MiRNA are short RNA molecules that mediate post-transcriptional regulation of gene expression by binding to a target mRNA. In this thesis, some structural properties and thermodynamic parameters (melting temperature, enthalpy ∆H and entropy ∆S changes connected with the transition between particular conformations) of oligonucleotides simulating complex of miRNA and mRNA, were characterized by using spectroscopic methods and a gel electrophoresis. Temperature dependences of UV and Raman spectra were measured, the results treated by means of a factor analysis, and the abovementioned thermodynamic parameters determined by a fit to a feasible model. The outputs have demonstrated the capability of the used methods to determine thermodynamic and structural properties of non-canonical RNA complexes. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)