Cellular Wound Healing Monitoring Tool
Nástroj pro sledování buněčného hojení ran
bachelor thesis (DEFENDED)

View/ Open
Permanent link
http://hdl.handle.net/20.500.11956/200792Identifiers
Study Information System: 270764
Collections
- Kvalifikační práce [11606]
Author
Advisor
Referee
Suk, Tomáš
Faculty / Institute
Faculty of Mathematics and Physics
Discipline
Computer Science with specialisation in Foundations of Computer Science
Department
Department of Software and Computer Science Education
Date of defense
20. 6. 2025
Publisher
Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultaLanguage
English
Grade
Excellent
Keywords (Czech)
test hojení ran|segmentace|dataset|U-net|zpracování obrazuKeywords (English)
wound healing assay|segmentation|dataset|U-net|image processingTest hojení ran (wound healing assay) je metoda studia buněčné migrace a interakce při hojení ran. V této práci se zaměříme na úlohu segmentace oblasti rány ve fotografiích testů hojení ran. Ve spolupráci s biology jsme vyvinuli anotační nástroj a použili segmen- tační algoritmus založený na klasických metodách zpracování obrazu na vytvoření nového datasetu s 446 ručně anotovanými obrázky. Následně jsme se zkoumali úspěšnost metod hlubokého učení založených na architektuře U-net trénovaných na naší datové sadě. Na závěr diskutujeme zobecnitelnost těchto modelů.
Wound healing assay is a method of wound healing cell migration and interaction study. In this thesis, we focus on the task of segmenting the wound area in wound healing assay imagery. We developed a web-based annotation tool in collaboration with biolo- gists and used a classical method-based segmentation algorithm together with manual adjustments to create a new dataset with 446 images. We then explored the performance of deep learning methods based on the U-net architecture trained on our dataset. Finally, we reason about the generalizability of these models.