Problematické vzorky DNA ve forenzní genetice a archeogenetice

Abstract

Různé metody analýzy DNA izolované z biologických vzorků jsou klíčové pro obory forenzní genetiky a archeogenetiky. Některé typy vzorků ovšem při analýze představují potenciální problémy. Může se jednat o vzorky obsahující DNA, která byla degradována kvůli vystavení vlivům prostředí, včetně vzorků z archeologických nálezů, dále vzorky obsahující kontaminovanou DNA, malé množství DNA a také vzorky obsahující inhibitory PCR. Cílem této práce je charakterizovat typy potenciálně problematických vzorků, uvést metodické problémy a možná řešení, porovnat možné problémy s DNA analýzou v kontextu forenzní genetiky a archeogenetiky a uvést způsoby optimalizace analýzy. Na závěr je představeno současné směřování výzkumu v oblasti problematických vzorků. Klíčová slova: forenzní genetika, archeogenetika, degradace DNA, kontaminace DNA, low- template DNA, PCR inhibitory, low copy number, mini-STR, stochastické efekty

Various methods of DNA isolation from biological samples are crucial for the fields of forensic genetics and archaeogenetics. However, certain types of samples can present potential problems during analysis. These may include samples containing DNA that was degraded due to environmental exposure, including samples from archaeological sites, samples containing contaminated DNA, small amounts of DNA, and those containing PCR inhibitors. The aim of this thesis is to characterize the types of potentially problematic samples, identify methodological problems and possible solutions, compare issues encountered in forensic genetics and archaeogenetics, and present strategies to optimize the analyses. Finally, the current direction of research in the field of problematic samples is presented. Keywords: forensic genetics, archaeogenetics, DNA degradation, DNA contamination, low- template DNA, PCR inhibitors, low copy number, mini-STR, stochastic effects