Virome of Honey Bee

Abstract

We explored the honey bee (Apis mellifera) virome through extensive metagenomic analysis across two major projects, focusing on virome stability and longitudinal changes. The first project, which included 39 samples from Czechia, aimed to understand virome stability within triplicates, revealing varying viral compositions of honey bee-infecting viruses and was published in 2022. The second project extended the analysis to 48 samples over three years, we explored recent tools in viral metagenomics bioinformatics which led to the discovery of novel DNA viruses: Apis mellifera filamentous-like virus (AmFLV) and Apis mellifera nudivirus (AmNV), along with nine new genomes from the Parvoviridae family, tentatively named Bee densoviruses 1 to 9. The longitudinal study highlighted significant viral abundance variability that may be influenced by factors such as pesticide exposure. An analysis comparing viral detection by proteomics and metagenomics was also conducted. These findings contribute to the understanding of honey bee virome dynamics and underscore the need for continued research into viral interactions and their ecological implications. Keywords: metagenomics, viruses, honey bee, vMAGs

Prozkoumali jsme virom včel medonosných (Apis mellifera) prostřednictvím rozsáhlé metagenomické analýzy v rámci dvou hlavních projektů, zaměřených na stabilitu viromu a jeho dlouhodobé změny. První projekt, který zahrnoval 39 vzorků z České republiky, si kladl za cíl pochopit stabilitu viromu v rámci triplikátů, přičemž byly odhaleny různé virové složení včelích virů a výsledky byly publikovány v roce 2022. Druhý projekt rozšířil analýzu na 48 vzorků během tří let, kde jsme prozkoumali nové nástroje v bioinformatice virové metagenomiky, což vedlo k objevu nových DNA virů: Apis mellifera filamentous-like virus (AmFLV) a Apis mellifera nudivirus (AmNV), spolu s devíti novými genomy z rodiny Parvoviridae, předběžně pojmenovanými Bee densoviruses 1 až 9. Dlouhodobá studie zdůraznila významnou variabilitu virové abundance, která může být ovlivněna faktory jako je expozice pesticidům. Rovněž byla provedena analýza porovnávající detekci virů pomocí proteomiky a metagenomiky. Tyto poznatky přispívají k pochopení dynamiky viromu včel medonosných a zdůrazňují potřebu pokračujícího výzkumu virových interakcí a jejich ekologických dopadů. Klíčová slova: metagenomika, viry, včela, vMAGs