Studies on the mechanisms of activation of the DNA sensor p204 during Mouse polyomavirus infection
Studie mechanismů aktivace DNA senzoru p204 během infekce myším polyomavirem
diploma thesis (DEFENDED)
Item with restricted access
Whole item or its parts have restricted access until 11. 09. 2026
Reason for restricted acccess:
Protection of information protected by a special law
View/ Open
Permanent link
http://hdl.handle.net/20.500.11956/194057Identifiers
Study Information System: 241863
Collections
- Kvalifikační práce [20332]
Author
Advisor
Consultant
Horníková, Lenka
Referee
Kanwal, Madiha
Faculty / Institute
Faculty of Science
Discipline
Virology
Department
Department of Genetics and Microbiology
Date of defense
11. 9. 2024
Publisher
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaLanguage
English
Grade
Excellent
Keywords (Czech)
p204, STING, myší polyomavirus, interferonová odpověď, kolokalizace, protein-proteinové interakce, pp53, TRAF6Keywords (English)
p204, STING, mouse polyomavirus, interferon response, colocalization, protein-protein interactions, pp53, TRAF6Protein 204 (p204), myší ortolog lidského interferonem indukovatelného proteinu 16 (IFI16), je klíčový senzor DNA, který aktivuje produkci interferonů typu I prostřednictvím stimulátoru interferonem podmíněných genů (STING). p204 detekuje DNA myšího polyomaviru (MPyV), avšak molekulární mechanismus vedoucí k aktivaci STING nebyl popsán. Pro lepší pochopení signalizace p204 byl využit plazmid kódující p204 fúzovaný se zesíleným zeleným fluorescenčním proteinem (EGFP). p204 i p204-EGFP se lokalizovaly v jadérku a jádře, kde interagovaly s velkým T antigenem MPyV (LT), avšak pouze p204 byl přítomen v cytosolu. Výsledky qPCR naznačily, že nadměrná exprese p204-EGFP neindukovala interferonovou odpověď během infekce MPyV. Proto se pokračovalo v experimentech s endogenním p204. Konfokální mikroskopie naznačila mírné interakce p204 s fosforylovaným nádor tlumícím proteinem 53 (pp53), STING a faktorem 6 asociovaným s receptorem nádorového nekrotického faktoru (TRAF6) a silnější interakce STING s pp53, TRAF6 a ubiquitinem. Metoda proximální ligace (PLA) potvrdila mírné interakce, které byly hojnější v infikovaných buňkách. Role TRAF6 v zprostředkování interakcí p204 se STING a pp53 a v ubiquitinaci STING byla zkoumána pomocí buněčné linie neexprimující TRAF6. Výsledky PLA naznačily, že absence TRAF6...
The protein 204 (p204), murine ortholog of human Interferon-inducible protein 16 (IFI16) is a key DNA sensor which activates Type I interferon production via stimulator of interferon genes (STING). The p204 detects mouse polyomavirus (MPyV) DNA, though the molecular mechanism leading to STING activation has not been described. To better understand p204's signaling, we used a plasmid encoding p204 fused to enhanced green fluorescent protein (EGFP). Both p204 and p204-EGFP localized in the nucleolus and nucleus, interacting with MPyV large T antigen (LT), but only p204 was present in the cytosol. qPCR results indicated that p204-EGFP overexpression did not induce an interferon response during MPyV infection. Therefore, we continued the experiments following the endogenous p204. Confocal microscopy suggested moderate interactions of p204 with phosphorylated tumor protein 53 (pp53), STING and tumor necrosis factor receptor-associated factor 6 (TRAF6) and stronger interactions of STING with pp53, TRAF6 and ubiquitin. Proximity ligation assay (PLA) confirmed the moderate interactions which were more abundant in infected cells. The role of TRAF6 in mediating p204's interactions with STING and pp53, and in STING ubiquitination, was examined using a TRAF6 knockout cell line. PLA results suggested that the...