Models and Modeling in the Biomedical Sciences
Modely a modelování v biomedicíně
dissertation thesis (DEFENDED)

View/ Open
Permanent link
http://hdl.handle.net/20.500.11956/152208Identifiers
Study Information System: 182209
Collections
- Kvalifikační práce [24107]
Author
Advisor
Consultant
Frigg, Roman
Referee
Leonelli, Sabina
Abrams, Marshall
Faculty / Institute
Faculty of Arts
Discipline
Philosophy
Department
Institute of Philosophy and Religious Studies
Date of defense
21. 9. 2021
Publisher
Univerzita Karlova, Filozofická fakultaLanguage
English
Grade
Pass
Keywords (Czech)
abstrakce|modely založené na aktérech|biomedicína|rakovina|COVID-19|idealizace|imunologie|mechanistické vysvětlení|molekulární biologie|myší modely|filosofie vědy|SARS-CoV-2|vědecké modely|vědecká reprezentaceKeywords (English)
abstraction|agent-based models|biomedicine|cancer|COVID-19|idealization|immunology|mechanistic explanation|molecular biology|mouse models|philosophy of science|SARS-CoV-2|scientific models|scientific representationŘada vědních oborů, včetně biomedicínských disciplín, vytváří a široce využívá vědecké modely. Hlavní náplní této disertační práce je analýza některých klíčových aspektů praxe vědeckého modelování. Za prvé představím nové, komplementární pojetí vědeckého modelování (modelování založené na experimentování): teprve na této bázi lze adekvátně zachytit praxi vytváření mechanistických modelů v řadě oblastí biologického a biomedicínského výzkumu, včetně nádorové imunologie. Za druhé kriticky prozkoumám jednu z hlavních námitek vůči mechanistickému pojetí vědeckého vysvětlení: jejím cílem je ukázat, že toto pojetí nedokáže uspokojivě zachytit idealizaci rozdílových faktorů, běžně přítomnou ve vědeckém vysvětlení. Vyústěním mé argumentace bude konstatování, že tato námitka zcela selhává vinou řady konceptuálních nesrovnalostí. Za třetí analyzuji různé role, které hrají úsudky o podobnostech v té sféře výzkumu rakoviny, v níž se mechanismy podílející se na rozvoji nádorového onemocnění zkoumají za pomoci různých myších modelů. Pokusím se ukázat, že docenění komplexity těchto úsudků může být významným a zcela původním vkladem do současných filosofických debat o povaze vědecké reprezentace. Za čtvrté poukážu na fakt, že mechanismy lze efektivně zkoumat také prostřednictvím počítačových simulací. Konkrétně se...
Many scientific disciplines rely on the construction and use of models: biomedical sciences are no exception. This PhD thesis addresses several aspects of the practice of scientific modeling. First, I discuss the nature of modeling as such, proposing a novel, complementary account of scientific modeling which I term the experimentation-driven modeling account and which drives the construction of mechanistic models in many fields of biological and biomedical research, such as cancer immunology. Second, I scrutinize an objection to the mechanistic account of explanation according to which the account fails to accommodate the common practice of idealizing difference-making factors. I argue that this objection ultimately fails because it is riddled with a number of conceptual inconsistencies. Third, I analyze the roles of similarity judgments in some fields of cancer research which employ a variety of mouse models to learn about the disease mechanisms, arguing that by appreciating the epistemic complexities it is possible to shed new light on more general philosophical debates regarding scientific representation. Fourth, mechanisms can also be studied using more theoretical apparatus in the form of simulations. I investigate an example of an agent-based model used to model the outbreak of SARS-CoV-2...
Citace dokumentu
Metadata
Show full item recordRelated items
Showing items related by title, author, creator and subject.
-
Oceňování finančních derivátů
Defence status: DEFENDEDChudáček, Petr (Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2017)Date of defense: 12. 9. 2017Tato práce se věnuje vybraným způsobům oceňování finančních derivátů. Počíná úvodem do finančních derivátů, triviálními metodámi jejich oce- ňování a zavedením názvosloví. Následuje přehled matematických definic a vět ... -
Zákony o prostituci v Evropě
Defence status: DEFENDEDKotek, Adam (Univerzita Karlova, Právnická fakulta, 2024)Date of defense: 10. 9. 2024Prostitution law in Europe Abstract The phenomenon of prostitution accompanies humanity from the dawn of history. Throughout history, the legal framework governing relations in the area of sexual services for remuneration ... -
Modely rozložených časových zpoždění
Defence status: DEFENDEDDian, Patrik (Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2022)Date of defense: 23. 6. 2022The aim of this bachelor thesis is to unite the theory about distribu- ted lag models and autoregressive distributed lag model, which includes lagged dependent variables and application of these models on real data. The ...