Analýza plazmy kostní dřeně za cílem identifikace nových biomarkerů u dětské akutní lymfoblastické leukémie

Kováč, Martin

Analysis of bone marrow plasma in order to identify new biomarkers in childhood acute lymphoblastic leukemia

dc.contributor.advisor	Hrušák, Ondřej
dc.creator	Kováč, Martin
dc.date.accessioned	2025-03-14T09:57:46Z
dc.date.available	2025-03-14T09:57:46Z
dc.date.issued	2014
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/20.500.11956/64428
dc.description.abstract	Leukemia, a malignant disorder of lymphoid or myeloid progenitor cells, is the most frequent malignant disease of childhood. The most common subtype is acute lymphoblastic leukemia (ALL). In acute leukemia, several clinical symptoms may be caused by soluble proteins secreted by AL cells into the bone marrow (BM) microenvironment. We aimed at identifying proteins in BM plasma of children with ALL, which may be responsible for ALL aggressiveness or for microenvironment-mediated survival of ALL cells. LBMp (leukemic bone marrow plasma) at the diagnosis of ALL was compared to CBMp (control bone marrow plasma) and CPBp (control peripheral blood plasma) using cytokine antibody array and two-dimensional electrophoresis (2-D PAGE). Cytokine antibody array for 79 proteins identified 23 proteins expressed differentially with a statistical significance of p<0.05; of those, 2 proteins (TIMP-1 and LIF) withstood Bonferroni correction for multiple comparisons (p<0.00064). On the other hand little difference was observed between CBMp and CPBp. Using 2-D PAGE, we were able to detect 397 protein spots per gel, among which 16 showed statistically significant differences in protein levels, when comparing LBMp and CBMp by MALDI-TOF analysis. The highest difference has been found for haptoglobin in LBMp and retinol binding...	en_US
dc.description.abstract	Akutní lymfoblastická leukémie (ALL) patří k nejčastěji diagnostikovaným malignitám v dětském věku. Některé klinické symptomy u akutní leukémie mohou vznikat v důsledku působení solubilních proteinů secernovaných leukemickými buňkami do mikroprostředí kostní dřeně. Většina pozornosti se logicky soustřeďuje na maligní leukemické buňky, a tak může být složení solubilních faktorů v plazmě z kostní dřeně neprávem opomíjeno. Proto se v dizertační práci zabýváme porovnáním leukemické plazmy kostní dřeně (LBMp) při diagnóze ALL s kontrolní plazmou kostní dřeně (CBMp) a kontrolní periferní plazmou (CPBp) pomocí proteinové cytokinové array a dvoudimenzionální elektroforézy (2-D PAGE). Proteinová cytokinová array pro 79 proteinů identifikovala 23 proteinů se signifikantně vyšší expresí v LBMp (p<0.05), z nich 2 proteiny (TIMP1 a LIF) byly po Bonferroniho korekci na vysoké hladině statistické významnosti (p<0.00064). Na druhé straně byly pozorovány malé rozdíly mezi CBMp a CPBp. Pomocí 2-D PAGE jsme na gelu detekovali 397 proteinových spotů, ze kterých 16 vykazovalo statisticky významné rozdíly při porovnání LBMp a CBMp pomocí MALDI-TOF/TOF analýzy. Největší rozdíly byly zjištěny pro haptoglobin v LBMp, a RBP4 (retinol binding protein) v CBMp. Dále jsme provedli meta-analýzu publikovaných dat expresních profilů dětské...	cs_CZ
dc.language	Čeština	cs_CZ
dc.language.iso	cs_CZ
dc.publisher	Univerzita Karlova, 2. lékařská fakulta	cs_CZ
dc.title	Analýza plazmy kostní dřeně za cílem identifikace nových biomarkerů u dětské akutní lymfoblastické leukémie	cs_CZ
dc.type	dizertační práce	cs_CZ
dcterms.created	2014
dcterms.dateAccepted	2014-09-16
dc.description.department	Department of Paediatric Haematology and Oncology	en_US
dc.description.department	Klinika dětské hematologie a onkologie	cs_CZ
dc.description.faculty	2. lékařská fakulta	cs_CZ
dc.description.faculty	Second Faculty of Medicine	en_US
dc.identifier.repId	153216
dc.title.translated	Analysis of bone marrow plasma in order to identify new biomarkers in childhood acute lymphoblastic leukemia	en_US
dc.contributor.referee	Schwarz, Jiří
dc.contributor.referee	Petrák, Jiří
thesis.degree.name	Ph.D.
thesis.degree.level	doktorské	cs_CZ
thesis.degree.discipline	Immunology	en_US
thesis.degree.discipline	Imunologie	cs_CZ
thesis.degree.program	Immunology	en_US
thesis.degree.program	Imunologie	cs_CZ
uk.thesis.type	dizertační práce	cs_CZ
uk.taxonomy.organization-cs	2. lékařská fakulta::Klinika dětské hematologie a onkologie	cs_CZ
uk.taxonomy.organization-en	Second Faculty of Medicine::Department of Paediatric Haematology and Oncology	en_US
uk.faculty-name.cs	2. lékařská fakulta	cs_CZ
uk.faculty-name.en	Second Faculty of Medicine	en_US
uk.faculty-abbr.cs	2.LF	cs_CZ
uk.degree-discipline.cs	Imunologie	cs_CZ
uk.degree-discipline.en	Immunology	en_US
uk.degree-program.cs	Imunologie	cs_CZ
uk.degree-program.en	Immunology	en_US
thesis.grade.cs	Prospěl/a	cs_CZ
thesis.grade.en	Pass	en_US
uk.abstract.cs	Akutní lymfoblastická leukémie (ALL) patří k nejčastěji diagnostikovaným malignitám v dětském věku. Některé klinické symptomy u akutní leukémie mohou vznikat v důsledku působení solubilních proteinů secernovaných leukemickými buňkami do mikroprostředí kostní dřeně. Většina pozornosti se logicky soustřeďuje na maligní leukemické buňky, a tak může být složení solubilních faktorů v plazmě z kostní dřeně neprávem opomíjeno. Proto se v dizertační práci zabýváme porovnáním leukemické plazmy kostní dřeně (LBMp) při diagnóze ALL s kontrolní plazmou kostní dřeně (CBMp) a kontrolní periferní plazmou (CPBp) pomocí proteinové cytokinové array a dvoudimenzionální elektroforézy (2-D PAGE). Proteinová cytokinová array pro 79 proteinů identifikovala 23 proteinů se signifikantně vyšší expresí v LBMp (p<0.05), z nich 2 proteiny (TIMP1 a LIF) byly po Bonferroniho korekci na vysoké hladině statistické významnosti (p<0.00064). Na druhé straně byly pozorovány malé rozdíly mezi CBMp a CPBp. Pomocí 2-D PAGE jsme na gelu detekovali 397 proteinových spotů, ze kterých 16 vykazovalo statisticky významné rozdíly při porovnání LBMp a CBMp pomocí MALDI-TOF/TOF analýzy. Největší rozdíly byly zjištěny pro haptoglobin v LBMp, a RBP4 (retinol binding protein) v CBMp. Dále jsme provedli meta-analýzu publikovaných dat expresních profilů dětské...	cs_CZ
uk.abstract.en	Leukemia, a malignant disorder of lymphoid or myeloid progenitor cells, is the most frequent malignant disease of childhood. The most common subtype is acute lymphoblastic leukemia (ALL). In acute leukemia, several clinical symptoms may be caused by soluble proteins secreted by AL cells into the bone marrow (BM) microenvironment. We aimed at identifying proteins in BM plasma of children with ALL, which may be responsible for ALL aggressiveness or for microenvironment-mediated survival of ALL cells. LBMp (leukemic bone marrow plasma) at the diagnosis of ALL was compared to CBMp (control bone marrow plasma) and CPBp (control peripheral blood plasma) using cytokine antibody array and two-dimensional electrophoresis (2-D PAGE). Cytokine antibody array for 79 proteins identified 23 proteins expressed differentially with a statistical significance of p<0.05; of those, 2 proteins (TIMP-1 and LIF) withstood Bonferroni correction for multiple comparisons (p<0.00064). On the other hand little difference was observed between CBMp and CPBp. Using 2-D PAGE, we were able to detect 397 protein spots per gel, among which 16 showed statistically significant differences in protein levels, when comparing LBMp and CBMp by MALDI-TOF analysis. The highest difference has been found for haptoglobin in LBMp and retinol binding...	en_US
uk.file-availability	V
uk.grantor	Univerzita Karlova, 2. lékařská fakulta, Klinika dětské hematologie a onkologie	cs_CZ
thesis.grade.code	P
uk.publication-place	Praha	cs_CZ
uk.thesis.defenceStatus	O
dc.identifier.lisID	990019107200106986