Identifikace purifikovaných biotransformačních enzymů pomocí hmotnostní spektrometrie

Abstract

Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Andrea Křížová Školitel: PharmDr. Juraj Lenčo, Ph.D. Název diplomové práce: Identifikace purifikovaných biotransformačních enzymů pomocí hmotnostní spektrometrie Biotransformační enzymy se podílejí na metabolismu řady endogenních látek a xenobiotik. Mnoho těchto enzymů nebylo dodnes ve vztahu k metabolismu xenobiotik charakterizováno vůbec nebo jen velmi okrajově. Pro poznání a pochopení, jak působí na sloučeniny ovlivňující chod organismu jako celku, je důležité biotransformační enzymy purifikovat, identifikovat a podrobně charakterizovat. Klasická elektroforéza má stále nezastupitelné místo v oblasti purifikace a charakterizace proteinů a ve spojení s hmotnostní spektrometrií představuje neodmyslitelný tandem k jejich identifikaci. K získaní nezpochybnitelných výsledků z hmotnostně- spektrometrické (MS) identifikace proteinů je zásadní vyvarovat se kontaminaci vzorku během jeho zpracování. Striktním používáním jednorázových pracovních pomůcek, chemikálií v MS čistotě, filtrací roztoků apod. byly na pracovišti Katedry biochemických věd zavedeny zásady pro přípravu vzorků k MS analýze. Data získaná z MS analýz ukázala, že při dodržování těchto zásad lze připravit vzorky v celém rozsahu bez rizika...

Charles University in Prague Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Department of Biochemical Sciences Candidate: Andrea Křížová Supervisor: PharmDr. Juraj Lenčo, Ph.D Title of diploma thesis: Identification of purified biotransformation enzymes by means of mass spektrometry Biotransformation enzymes are involved in the metabolism of a wide range of both endogenous compounds and xenobiotics. Regarding the metabolism of xenobiotics, many of those enzymes have not been characterized at all or only marginally. To get better knowledge about how the biotransformation enzymes affect compounds with significant impact on the organism as a whole, they need to be purified, identified and subsequently thoroughly characterized. The classical electrophoresis is still irreplaceable for protein purification and characterization. Moreover, combination of electrophoresis with mass spectrometry (MS) represents an inseparable tandem for protein identification. However, to obtain unambiguous outputs from mass-spectrometry based protein identification, it is essential to avoid unwanted contamination of the sample during sample preparation. Wearing disposable protective equipments, using MS grade chemicals, solutions filtering are examples of rules for sample preparation for MS analysis that were established at the...