Molekulární simulace ve strukturní analýze interkalátů

Veteška, Marek

Molecular simulations in structure analysis of intercalates
Molekulární simulace ve strukturní analýze interkalátů

dc.contributor.advisor	Pospíšil, Miroslav
dc.creator	Veteška, Marek
dc.date.accessioned	2017-03-27T12:58:29Z
dc.date.available	2017-03-27T12:58:29Z
dc.date.issued	2006
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/20.500.11956/4741
dc.description.abstract	The samples of hydrotalcite intercalated with pyrenetetrasulphonate acid were obtained. Their structure cannot be precisely determined by the analysis of X-ray data. The amount of water in the interlayer space and the structure of the samples differed considerably in dependence on humidity. Convenient procedures and minimization strategy were established on the base of X-ray data in the molecular mechanic and the molecular dynamic simulations. A procedure for using of the supramol software was made. This software enables deterministic searching of conformational space. Initial models from supramol were minimized in the Cerius2 software using the Universal force field and then they were eventually optimized by the molecular dynamics. The arrangement of molecules of pyrenetetrasulphonate acid and water was determined in the interlayer space of hydrotalcite for three different samples with different interlayer distances: The sample 1 prepared by RH = 0%: 9.83A; the sample 2 prepared by RH = 84%: 13.63A; the sample 3 prepared RH = 40%-50%: 11.74A a 12.81A. The results of these structures proved a large variability of the arrangement of the molecules in the interlayer space. The sample No. 3 seems to be unstable.	en_US
dc.description.abstract	Interkalací pyrentetrasulfonové kyseliny do hydrotalcitových vrstev byly získány vzorky, jejichž struktura se analýzou difraktogramu nedá jednoznačně určit. V závislosti na relativní vlhkosti se značně lišilo množství mezivrstevné vody a struktura vzorku. Pro vyřešení struktur byly vytvořeny vhodné postupy a minimalizační strategie v molekulárně mechanických a molekulárně dynamických simulacích, které byly založeny na experimentálních výsledcích z rtg. difrakce. Pro nalezení vhodných iniciálních modelů byl vytvořen postup k použití programu supramol, určeného k deterministickému procházení prostoru možných konformací struktury. Iniciální modely z programu supramol byly následně minimalizovány v programu Cerius2 v silovém poli Universal a případně optimalizovány molekulární dynamikou. Bylo spočítáno uspořádání pyrentetrasulfonových kyselin a vody v mezivrství hydrotalcitu pro tři různé vzorky s následujícími mezirovinnými vzdálenostmi: Vzorek 1 připravený při RH = 0%: 9,83A; vzorek 2 při RH = 84%: 13,63A; vzorek 3 při RH = 40%-50%: 11,74A a 12,81A. Výsledky u těchto struktur prokázaly značnou variabilitu uspořádání molekul v mezivrství. Vzorek 3 se jeví jako neustálený.	cs_CZ
dc.language	Italian	cs_CZ
dc.language.iso	it_IT
dc.publisher	Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta	cs_CZ
dc.title	Molekulární simulace ve strukturní analýze interkalátů	it_IT
dc.type	diplomová práce	cs_CZ
dcterms.created	2006
dcterms.dateAccepted	2006-05-18
dc.description.department	Katedra chemické fyziky a optiky	cs_CZ
dc.description.department	Department of Chemical Physics and Optics	en_US
dc.description.faculty	Matematicko-fyzikální fakulta	cs_CZ
dc.description.faculty	Faculty of Mathematics and Physics	en_US
dc.identifier.repId	43271
dc.title.translated	Molecular simulations in structure analysis of intercalates	en_US
dc.title.translated	Molekulární simulace ve strukturní analýze interkalátů	cs_CZ
dc.contributor.referee	Beneš, Ludvík
dc.identifier.aleph	001138680
thesis.degree.name	Mgr.
thesis.degree.level	magisterské	cs_CZ
thesis.degree.discipline	Theoretical physics	en_US
thesis.degree.discipline	Teoretická fyzika	cs_CZ
thesis.degree.program	Physics	en_US
thesis.degree.program	Fyzika	cs_CZ
uk.thesis.type	diplomová práce	cs_CZ
uk.taxonomy.organization-cs	Matematicko-fyzikální fakulta::Katedra chemické fyziky a optiky	cs_CZ
uk.taxonomy.organization-en	Faculty of Mathematics and Physics::Department of Chemical Physics and Optics	en_US
uk.faculty-name.cs	Matematicko-fyzikální fakulta	cs_CZ
uk.faculty-name.en	Faculty of Mathematics and Physics	en_US
uk.faculty-abbr.cs	MFF	cs_CZ
uk.degree-discipline.cs	Teoretická fyzika	cs_CZ
uk.degree-discipline.en	Theoretical physics	en_US
uk.degree-program.cs	Fyzika	cs_CZ
uk.degree-program.en	Physics	en_US
thesis.grade.cs	Výborně	cs_CZ
thesis.grade.en	Excellent	en_US
uk.abstract.cs	Interkalací pyrentetrasulfonové kyseliny do hydrotalcitových vrstev byly získány vzorky, jejichž struktura se analýzou difraktogramu nedá jednoznačně určit. V závislosti na relativní vlhkosti se značně lišilo množství mezivrstevné vody a struktura vzorku. Pro vyřešení struktur byly vytvořeny vhodné postupy a minimalizační strategie v molekulárně mechanických a molekulárně dynamických simulacích, které byly založeny na experimentálních výsledcích z rtg. difrakce. Pro nalezení vhodných iniciálních modelů byl vytvořen postup k použití programu supramol, určeného k deterministickému procházení prostoru možných konformací struktury. Iniciální modely z programu supramol byly následně minimalizovány v programu Cerius2 v silovém poli Universal a případně optimalizovány molekulární dynamikou. Bylo spočítáno uspořádání pyrentetrasulfonových kyselin a vody v mezivrství hydrotalcitu pro tři různé vzorky s následujícími mezirovinnými vzdálenostmi: Vzorek 1 připravený při RH = 0%: 9,83A; vzorek 2 při RH = 84%: 13,63A; vzorek 3 při RH = 40%-50%: 11,74A a 12,81A. Výsledky u těchto struktur prokázaly značnou variabilitu uspořádání molekul v mezivrství. Vzorek 3 se jeví jako neustálený.	cs_CZ
uk.abstract.en	The samples of hydrotalcite intercalated with pyrenetetrasulphonate acid were obtained. Their structure cannot be precisely determined by the analysis of X-ray data. The amount of water in the interlayer space and the structure of the samples differed considerably in dependence on humidity. Convenient procedures and minimization strategy were established on the base of X-ray data in the molecular mechanic and the molecular dynamic simulations. A procedure for using of the supramol software was made. This software enables deterministic searching of conformational space. Initial models from supramol were minimized in the Cerius2 software using the Universal force field and then they were eventually optimized by the molecular dynamics. The arrangement of molecules of pyrenetetrasulphonate acid and water was determined in the interlayer space of hydrotalcite for three different samples with different interlayer distances: The sample 1 prepared by RH = 0%: 9.83A; the sample 2 prepared by RH = 84%: 13.63A; the sample 3 prepared RH = 40%-50%: 11.74A a 12.81A. The results of these structures proved a large variability of the arrangement of the molecules in the interlayer space. The sample No. 3 seems to be unstable.	en_US
uk.file-availability	V
uk.publication.place	Praha	cs_CZ
uk.grantor	Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, Katedra chemické fyziky a optiky	cs_CZ
dc.identifier.lisID	990011386800106986