Hledání vhodných genů pro standardizaci kvantitativní PCR v reálném čase u pacientů s chronickou lymfocytární leukémií

Abstract

4 ABSTRAKT Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Bc. Barbora Ryšková Školitel: Mgr. Filip Vrbacký Název diplomové práce: Hledání vhodných genů pro standardizaci kvantitativní PCR v reálném čase u pacientů s chronickou lymfocytární leukémií Chronická B-lymfocytární leukémie (B-CLL) je nejčastěji se vyskytující leukémií u dospělých, a proto se intenzivně studuje. Doposud nebyla zjištěna vyvolávající příčina toto onemocnění a také nevíme jak toto lymfoproliferativní onemocnění úplně vyléčit s nízkým rizikem následných komplikací, které provázejí použitelnou transplantaci kostní dřeně. K oblastem, které nejsou dostatečně prozkoumány, patří exprese angiogenních faktorů na úrovni RNA. Proto jsme se rozhodli v laboratoři II. Interní kliniky - Oddělení klinické hematologie Fakultní nemocnice Hradec Králové věnovat právě této problematice. Mým úkolem bylo zavedení vhodné metody pro kvantifikaci odpovídajícího houskeeping genu použitého pro normalizaci výsledků kvantifikace vybraných angiogenních faktorů získaných pomocí PCR v reálném čase. Pro svou vhodnou míru exprese jsme zvolili gen Abl1. Tento gen je však alternativně sestřihován a pouze varianta obsahující 1.exon je skutečně použitelná jako housekeeping. Zaváděná metoda tudíž musela zohlednit tuto...

5 ABSTRACT Charles University in Prague Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Department of Biochemical Sciences Candidate: Bc. Barbora Ryšková Supervisor: Mgr. Filip Vrbacký Title of diploma thesis: Search for a suitable houskeeping gene for relative guantification in patients with the chronic lymfocytic leukemia Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is the most common form of leukemia found in adults and that is why it is studied very intensively. The cause of CLL is still unknown and it is not known how to cure this lyphoproliferative disorder without high risk of complications that may occur with a bone marrow transplantation. Altered gene expression of angiogenic factors in CLL is still insufficiently known too, so we decided to study this topic in our laboratory. Our task was to establish method for quantification of proper housekeeping gene that can be used for normalization of results of quantification of expression of some angiogenic factors by real-time PCR. We decided to use Abl1 gene but that gene is alternatively spliced. Exon 1 containing variant is housekeeping only and we had to take it into account when choosing proper method. I managed to transform Escherichia coli cells and amplify plasmid containing Abl1 sequence. Plasmid was isolated, quantificated by spectrophotometer and used to...