Proteomic Analysis of Gamma-Irradiated Human Leukemic Cells

Šalovská, Barbora

Proteomická analýza leukemických buněčných linií po ozáření

dc.contributor.advisor	Řezáčová, Martina
dc.creator	Šalovská, Barbora
dc.date.accessioned	2021-03-24T00:09:42Z
dc.date.available	2021-03-24T00:09:42Z
dc.date.issued	2017
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/20.500.11956/33324
dc.description.abstract	(CZE) Název dizertační práce: Proteomická analýza leukemických buněčných linií po ozáření V této dizertační práci jsme se zaměřili na objasnění molekulárních mechanismů radiosensibilizace leukemické buněčné linie MOLT-4 specifickou inhibicí kináz z rodiny fosfatidylinositol-3-kináza příbuzných kináz (PIKKs). Byly testovány dva vysoce účinné a selektivní inhibitory VE-821 (inhibitor ATR) a KU55933 (inhibitor ATM), pro jejich účinky na proliferaci, viabilitu a buněčný cyklus neozářených a ozářených buněk MOLT4. Aplikace obou inhibitorů způsobila radiosensibilizaci MOLT-4 buněk a 10 µM VE-821 navíc působil jako silné antiproliferativní agens i v neozářených MOLT-4 buňkách. K dalšímu popisu mechanismů, které jsou zodpovědné za radiosensibilizaci MOLT-4 buněk VE-821 inhibitorem byly použity hmotnostně spektrometrické metody. Pomocí metod kvantitativní proteomiky jsme identifikovali a kvantifikovali změny v proteomu a fosfoproteomu (tj. změny na úrovni fosforylace proteinů) buněk, které byly způsobeny účinkem inhibitoru v ozářených buňkách. Protože detekce a kvantifikace fosforylovaných peptidů v komplexních vzorcích je komplikována mimo jiné jejich relativně nízkým zastoupením, zaměřili jsme se nejprve na výběr optimální metody pro jejich selektivní izolaci ze směsi s nemodifikovanými peptidy....	cs_CZ
dc.description.abstract	(ENG) Title of the dissertation: Proteomic analysis of gamma-irradiated human leukemic cells In the presented doctoral thesis, we aimed to elucidate molecular mechanisms underlying radiosensitization of MOLT-4 cell line (T-ALL) by specific inhibition of kinases from the phosphatidylinositol-3 kinase-related kinases (PIKKs) family. We tested two highly potent inhibitors of ATR and ATM, VE-821 and KU55933, respectively, for their effects on proliferation, viability, and cell cycle of sham-irradiated and irradiated MOLT-4 cells. Both inhibitors proved to radiosensitize MOLT-4 cells and furthermore, 10 µM VE-821 was shown to act as a strong antiproliferative agent in sham-irradiated MOLT-4 cells. To further describe cellular mechanisms underlying the VE-821-mediated radiosensitization of MOLT-4 cells, we employed high-resolution mass spectrometry to identify and quantify changes in proteome and phosphoproteome of irradiated VE-821-treated cells. As the detection and quantification of phosphorylated peptides in complex biological samples is challenging due to their low stoichiometry, we first compiled and optimized protocol for their enrichment. The protocol was then applied to study changes in radiosensitized MOLT-4 cells. In concordance with our expectations, VE-821 did not cause any significant...	en_US
dc.language	English	cs_CZ
dc.language.iso	en_US
dc.publisher	Univerzita Karlova, Lékařská fakulta v Hradci Králové	cs_CZ
dc.title	Proteomic Analysis of Gamma-Irradiated Human Leukemic Cells	en_US
dc.type	dizertační práce	cs_CZ
dcterms.created	2017
dcterms.dateAccepted	2017-04-04
dc.description.department	Department of Medical Biochemistry	en_US
dc.description.department	Ústav lékařské biochemie	cs_CZ
dc.description.faculty	Faculty of Medicine in Hradec Králové	en_US
dc.description.faculty	Lékařská fakulta v Hradci Králové	cs_CZ
dc.identifier.repId	106355
dc.title.translated	Proteomická analýza leukemických buněčných linií po ozáření	cs_CZ
dc.contributor.referee	Šebela, Marek
dc.contributor.referee	Ebhardt, H. Alexander
dc.identifier.aleph	002134118
thesis.degree.name	Ph.D.
thesis.degree.level	doktorské	cs_CZ
thesis.degree.discipline	-	en_US
thesis.degree.discipline	-	cs_CZ
thesis.degree.program	Medical Chemistry and Biochemistry	en_US
thesis.degree.program	Lékařská chemie a biochemie	cs_CZ
uk.thesis.type	dizertační práce	cs_CZ
uk.taxonomy.organization-cs	Lékařská fakulta v Hradci Králové::Ústav lékařské biochemie	cs_CZ
uk.taxonomy.organization-en	Faculty of Medicine in Hradec Králové::Department of Medical Biochemistry	en_US
uk.faculty-name.cs	Lékařská fakulta v Hradci Králové	cs_CZ
uk.faculty-name.en	Faculty of Medicine in Hradec Králové	en_US
uk.faculty-abbr.cs	LFHK	cs_CZ
uk.degree-discipline.cs	-	cs_CZ
uk.degree-discipline.en	-	en_US
uk.degree-program.cs	Lékařská chemie a biochemie	cs_CZ
uk.degree-program.en	Medical Chemistry and Biochemistry	en_US
thesis.grade.cs	Prospěl/a	cs_CZ
thesis.grade.en	Pass	en_US
uk.abstract.cs	(CZE) Název dizertační práce: Proteomická analýza leukemických buněčných linií po ozáření V této dizertační práci jsme se zaměřili na objasnění molekulárních mechanismů radiosensibilizace leukemické buněčné linie MOLT-4 specifickou inhibicí kináz z rodiny fosfatidylinositol-3-kináza příbuzných kináz (PIKKs). Byly testovány dva vysoce účinné a selektivní inhibitory VE-821 (inhibitor ATR) a KU55933 (inhibitor ATM), pro jejich účinky na proliferaci, viabilitu a buněčný cyklus neozářených a ozářených buněk MOLT4. Aplikace obou inhibitorů způsobila radiosensibilizaci MOLT-4 buněk a 10 µM VE-821 navíc působil jako silné antiproliferativní agens i v neozářených MOLT-4 buňkách. K dalšímu popisu mechanismů, které jsou zodpovědné za radiosensibilizaci MOLT-4 buněk VE-821 inhibitorem byly použity hmotnostně spektrometrické metody. Pomocí metod kvantitativní proteomiky jsme identifikovali a kvantifikovali změny v proteomu a fosfoproteomu (tj. změny na úrovni fosforylace proteinů) buněk, které byly způsobeny účinkem inhibitoru v ozářených buňkách. Protože detekce a kvantifikace fosforylovaných peptidů v komplexních vzorcích je komplikována mimo jiné jejich relativně nízkým zastoupením, zaměřili jsme se nejprve na výběr optimální metody pro jejich selektivní izolaci ze směsi s nemodifikovanými peptidy....	cs_CZ
uk.abstract.en	(ENG) Title of the dissertation: Proteomic analysis of gamma-irradiated human leukemic cells In the presented doctoral thesis, we aimed to elucidate molecular mechanisms underlying radiosensitization of MOLT-4 cell line (T-ALL) by specific inhibition of kinases from the phosphatidylinositol-3 kinase-related kinases (PIKKs) family. We tested two highly potent inhibitors of ATR and ATM, VE-821 and KU55933, respectively, for their effects on proliferation, viability, and cell cycle of sham-irradiated and irradiated MOLT-4 cells. Both inhibitors proved to radiosensitize MOLT-4 cells and furthermore, 10 µM VE-821 was shown to act as a strong antiproliferative agent in sham-irradiated MOLT-4 cells. To further describe cellular mechanisms underlying the VE-821-mediated radiosensitization of MOLT-4 cells, we employed high-resolution mass spectrometry to identify and quantify changes in proteome and phosphoproteome of irradiated VE-821-treated cells. As the detection and quantification of phosphorylated peptides in complex biological samples is challenging due to their low stoichiometry, we first compiled and optimized protocol for their enrichment. The protocol was then applied to study changes in radiosensitized MOLT-4 cells. In concordance with our expectations, VE-821 did not cause any significant...	en_US
uk.file-availability	V
uk.grantor	Univerzita Karlova, Lékařská fakulta v Hradci Králové, Ústav lékařské biochemie	cs_CZ
thesis.grade.code	P
dc.contributor.consultant	Tichý, Aleš
uk.publication-place	Hradec Králové	cs_CZ
uk.thesis.defenceStatus	O
dc.identifier.lisID	990021341180106986