Proteomová charakterizace hostitelské buňky po interakci s intracelulárním pathogenem Francisella tularensis

Abstract

Diplomová práce Proteomová charakterizace hostitelské buňky po interakci s intracelulárním patogenem Francisella tularensis. Pavla Římalová Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd 2009 Francisella tularensis (F. tularensis) je intracelulární gram-negativní bakterie navozující u člověka závažné onemocnění tularémii. Je příkladem bakterie, jejíž mechanismy patogeneze nebyly doposud zcela popsány. K jejich objasnění by mohla významně přispět proteomová charakterizace interakce mezi hostitelem a patogenem. Cílem diplomové práce bylo odhalit změny proteinové výbavy u buněk myší makrofágové linie J774.2, vystavených působení bakterie F. tularensis za použití kvantitativní "shotgun" proteomové technologie. Proteom buněk infikovaných F. tularensis ve třech různých časových intervalech (6, 12 a 24 hodin) byl porovnán s proteomem buněk neiinfikovaných. Pomocí komerčního kitu ProteoExtract Subcellular Extraction Kit (S-PEK, Calbiochem) byly připraveny čtyři subcelulární frakce. Frakce obohacená o cytosolové proteiny byla dále analyzována a kvantifikována prostřednictvím iTRAQ-HPLC- MS/MS techniky. Tímto přístupem se podařilo identifikovat celkem 248 proteinů, z toho u 37 z nich byly pozorovány změny v produkci proteinů v infikovaných buňkách oproti buňkám...

Diploma Thesis Proteomic characterization of host cell after interaction with intracellular pathogen Francisella tularensis Pavla Římalová Charles University in Prague, Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Department of Biochemical Sciences 2009 Francisella tularensis (F. tularensis) is an intracellular gramnegative bacterium, causative agent of the serious human disease tularemia. It is a typical bacterium with unknown mechanisms of pathogenesis. A proteome characterization of host-pathogen interaction could significantly contribute to their elucidation. The aim of this diploma thesis was to reveal the protein expression changes in macrophage mouse cell line J774.2 after infection with F. tularensis using the quantitative "shotgun" proteome technology. The proteomes of host cells infected with F. tularensis for three various time intervals (6, 12 and 24 hours) were compared with the proteome of non-infected cells. Four subcellular fractions were prepared using ProteoExtract Subcellular Extraction Kit (S-PEK, Calbiochem). Fraction enriched for cytosolic proteins was further analyzed and quantified by iTRAQ-HPLC-MS/MS technology. This approach led to the successful identification of 248 proteins, the production of 37 proteins was then observed to be different compared to the non-infected cells....