Studium dynamiky proteinů pomocí optické spektroskopie

Abstract

V rámci diplomové práce byl vytvořen a otestován software pro dvoudimenzionální korelační spektroskopii (2DKoS). Na modelových případech byly otestovány jednotlivé možné jevy v 2DKoS analýze vibračního cirkulárního dichroismu. Pro účely praktické aplikace 2DKoS byly změny teplotní a časové závislosti Ramanových spekter a spekter Ramanovy optické aktivity proteinu lysozymu. Fibrilace a teplotní denaturace lysozymu byla analyzována pomocí 2DKoS a faktorové analýzy (FA). Druhým studovaným systémem byly proteiny NKR_P1A a NKR_P1C, jejich teplotní dynamika byla monitorována pomocí infračervené spektroskopie s Fourierovou transformací a Ramanovy spektroskopie. Pomocí 2DKoS se podařilo charakterizovat dynamické chování všech studovaných protein.

In this diploma thesis a software for Two-dimensional correlation spectroscopy (2DCoS) was programmed and tested. Possible spectral phenomena in 2DCoS analysis of vibrational circular dichroism were tested on model cases. Thermal and time dependent series of Raman and Raman optical aktivity spectra of lysozyme protein were measured for practical applications of 2DCoS. Fibrillation and denaturation process of lysozyme was analyzed by means of 2DCoS and Factor analysis (FA). Proteins NKR_P1A and NKR_P1C were also studied and their thermal dynamics was monitored by means of Fourier transformed infrared spectroscopy and Raman spectroscopy. Dynamical behaviour of all studied proteins was characterized using 2DCoS.