Virom a bakteriom v patogenezi ostrůvkové autoimunity

Abstract

Incidence of type 1 diabetes (T1D) is increasing and environmental factors are very likely the cause. The most often mentioned candidate among infectious agents is enterovirus. The results from pre-diabetic cohorts, which investigate the time window before islet autoimmunity onset, are not uniform, only individual viral genotypes may play the role. Recently, it has also been considered that the intestinal bacteriom have the potential to trigger progress of autoimmunity into T1D. The topic has been studied by using a specific detection of the selected agents so far, however development of next generation sequencing (NGS) has enabled a more complex investigation: sequences of all microorganisms in the sample without previous selection are obtained along with semiquantitative information. The first half of the thesis investigates enterovirus RNA in the samples of norweigian pre- diabetic cohort MIDIA: it is based on a highly sensitive specific detection and mechanisms of virus-induced T1D are also being debated. The second half is investigating microbes based on a new methodological approach by using NGS. This approach was used on subjects of finnish pre-diabetic cohort DIPP, the time before the onset of ilset autoimmunity was investigated. The thesis also contains the comparison of both...

Incidence diabetu 1. typu (T1D) každoročně stoupá, za což zřejmě odpovídají faktory prostředí. Nejvíce zmiňovaným kandidátem mezi infekčními agens je enterovirus. Výsledky prediabetických kohort zkoumající období před vznikem ostrůvkové autoimunity však zatím nejsou jednotné, což může ovlivňovat fakt, že "diabetogenní" vlastnosti mají jen určité virové genotypy, vliv zřejmě hraje i stav střevního mikrobiomu. Studium spouštěčů ostrůvkové autoimunity bylo dosud založeno pouze na specifické detekci vybraných agens. Rozvoj sekvenování nové generace (NGS) nyní umožňuje zkoumat tuto problematiku komplexněji: získány jsou sekvence všech mikroorganismů, které se ve vzorku nacházejí včetně semikvantitativní informace. První polovina předkládané dizertace cílí na enterovirus ve vzorcích krve norské prediabetické kohorty MIDIA: detekce vysoce sensitivní metodou PCR a přispění k diskusi o mechanismech vlivu na ostrůvkovou autoimunitu. Druhá polovina hledá mikroby asociované s ostrůvkovou autoimunitou pomocí nového metodického přístupu s využitím sekvenování nové generace. Tato část zkoumá složení viromu a bakteriomu na vzorcích finské prediabetické kohorty DIPP před rozvojem ostrůvkové autoimunity, včetně srovnávání metodických přístupů. Enterovirová RNA ve vzorcích krve norské prediabetické kohorty MIDIA...