Molecular Prognostic and Predictive Markers in Colorectal Cancer

Abstract

in English Colorectal cancer is currently one of the three major causes of cancer-related death. In order to help clinicians to treat colorectal cancer, it is necessary to introduce more effective tools that will improve not only early diagnosis, but also prediction of the most likely progression of the disease and response to chemotherapy. This thesis aims to describe the most accepted biomarkers among those proposed for use in CRC divided based on the clinical specimen that is examined (tissue, feces or blood) along with their restrictions. In relation to my research, the thesis will also focus on alternative splicing that has emerged as an important regulator and potential treatment target in CRC. Alterations in gene expression leading to colorectal carcinogenesis results in dysregulated levels of nucleic acids and proteins, which can be utilized for the identification of modern, minimally invasive molecular biomarkers. One of the alternative splicing factors are MBNL proteins. The goal of my work that will be presented here was to analyze gene expression of the MBNL family of regulators of alternative splicing in various stages of colorectal cancer development, together with the MBNL-target splicing events in FOXP1 and EPB41L3 genes and tumor-related CD44 variants. The study was done using...

in Czech Kolorektální karcinom je v současné době jednou ze tří hlavních příčin úmrtí souvisejících s nádorovými onemocněními. Aby se klinickým lékařům pomohlo léčit kolorektální karcinom, je nutné zavést účinnější nástroje, které zlepší nejen včasnou diagnostiku, ale také predikci nejpravděpodobnější progrese onemocnění a reakce na chemoterapii. Tato práce si klade za cíl popsat nejpřijatelnější biomarkery mezi těmi, které jsou navrženy pro použití v CRC, rozdělené podle klinického vzorku, který je vyšetřován (tkáň, stolice nebo krev), spolu s jejich omezeními. Ve vztahu k mému výzkumu se práce zaměří také na alternativní sestřih, který se ukázal jako důležitý regulátor a potenciální cíl léčby v CRC. Změny v genové expresi vedoucí ke kolorektální karcinogenezi vedou k dysregulovaným hladinám nukleových kyselin a proteinů, které lze využít k identifikaci moderních, minimálně invazivních molekulárních biomarkerů. Jedním z alternativních spojovacích faktorů jsou MBNL proteiny. Cílem mé práce, která zde bude představena, byla analýza genové exprese rodiny MBNL regulátorů alternativního sestřihu v různých fázích vývoje kolorektálního karcinomu, spolu s událostmi sestřihu cíle MBNL v genech FOXP1 a EPB41L3 a CD44 souvisejícími s nádorem varianty. Studie byla provedena pomocí vzorků nádorové tkáně a...