Počítačové modelovanie membránových proteínov
Computational Modeling of Membrane Proteins
Počítačové modelování membránových proteinů
diplomová práce (OBHÁJENO)
Zobrazit/
Trvalý odkaz
http://hdl.handle.net/20.500.11956/179545Identifikátory
SIS: 234751
Kolekce
- Kvalifikační práce [11237]
Fakulta / součást
Matematicko-fyzikální fakulta
Obor
Matematické a počítačové modelování ve fyzice
Katedra / ústav / klinika
Fyzikální ústav UK
Datum obhajoby
2. 2. 2023
Nakladatel
Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultaJazyk
Slovenština
Známka
Výborně
Klíčová slova (česky)
A2A adenosinový receptor|TRP iontové kanály|Deca-alanin|Gramicidin A|Molekulární dynamické simulace|Řízená molekulární dynamikaKlíčová slova (anglicky)
A2A adenosine receptor|TRP ion channels|Deca-alanine|Gramicidin A|Molecular dynamics simulations|Steered molecular dynamicsPředkládaná práce se zabývá aplikací řízených molekulárně dynamických simulací na medicínsky zajímavé biomolekulární systémy. Nejprve byly otestovány metody určení profilu volné energie na modelovém systému (Ala)10. Potom jsme se zaměřili na určení profilu volné energie při vazbě ligandu do vazebného místa adenosinového A2A GPC receptoru. Dále jsme určovali profil volné energie spojený s tranzitem iontů přes modelový systém Gramicidinu A. A nakonec jsme tuto metodiku aplikovali na iontový kanál TRPM2. 1
The present work deals with the application of steered molecular dynamics simulations on medically interesting biomolecular systems. At first, methods for determi- ning the free energy profile were tested on the (Ala)10 model system. Then we focused on determining the free energy profile for binding of a ligand to the adenosine A2A GPC receptor. We further studied the free energy profile associated with ion passage through the Gramicidin A ion channel. Finally, we applied this methodology to the TRPM2 ion channel. 1