Webový plugin pro kombinovanou sekvenčně strukturní analýzu proteinů

Abstract

Tato práce se zabývá modernizací webového pluginu MolArt, který slouží ke znázornění závislosti mezi anotovanou proteinovou sekvencí a experimentální nebo predikovanou 3D strukturou proteinu. Nový MolArt (MolArt 2.0) se skládá ze dvou komponent. První zajišťuje vizualizaci proteinové sekvence pomocí knihovny Nightingale. Druhá má na starosti vykreslení 3D struktury proteinu, k tomu je využita knihovna Mol*. Propojení těchto komponent spočívá v grafickém zvýraznění (i vícenásobném) odpovídajících si skupin aminokyselin v obou částech, což umožňuje snazší generování biologických hypotéz. Data jsou načítána z několika externích databází nebo je možné využít data poskytnutá uživatelem. MolArt 2.0 je implementován v jazyce TypeScript.

This work focuses on the modernization of the web plugin MolArt, which is used to illustrate the relationship between the annotated protein sequence and the experimental or predicted 3D structure of the protein. The new MolArt (MolArt 2.0) consists of two components. The first one provides visualization of the protein sequence using the Nightingale library. The second one is responsible for rendering the 3D structure of the protein using the Mol* library. We connect these two components by using graphical highlighting (even multi-highlighting) of corresponding groups of amino acids in both parts, which makes it easier to generate biological hypotheses. The data is read from several external databases or it is possible to use the data provided by the user. MolArt 2.0 is implemented in TypeScript.