Relační modelování biologických dat

Abstract

Některé aplikace zpracování dat v databázových systémech vyžadují práci s hierarchicky uspořádanými daty. Informace takového charakteru se často vyskytují v biologických databázích, ale lze se s nimi setkat i v jiných oblastech. Efektivní dotazování specifické pro hierarchie vyžadují vhodnou reprezentaci grafových struktur v relační databázi. Tato práce se zabývá popisem známých metod pro ukládání hierarchických dat do relační databáze. Zaměřuje se zejména na vzájemné odlišnosti jednotlivých metod a zkoumá vhodnost jejich použití pro různé typy hierarchií. Součástí práce jsou také experimenty nad reálnými kolekcemi biologických dat, které porovnávají efektivitu jednotlivých způsobů uložení prakticky.

Some applications of data processing in database systems work with hierarchically structured data. Information of such kind is often present in biological data, but it can be also found in another scope. An efficient execution of queries specific for hierarchy needs proper representation of graph structures in a relational database. This thesis deals with a description of known methods for storing of hierarchical data into a relational database. It aims particularly to distinct properties of separate methods and examines fitness of usage for various hierarchies. The thesis includes experiments with real collections of biological data, which are used to compare effectiveness of particular methods in practical way.