Moderní matematické metody ve studiu imunitní rekonstituce a imunodeficiencí

Abstract

In this thesis we present new analytical and integrative approaches for broad spectrum of applications of flow cytometry. CVID Large (88 individuals) cohort of CVID patients was immunopheno- typed by flow cytometry. The "probability binning" algorithm was used to au- tomatically assess the immunophenotype which presented unprecedented stabi- lity. We were able to define sub-group of CVID patients with highly activated immunophenotype showing hallmarks of immunosenescence and common clinical characteristics (thrombocytopenia, lung fibrosis and bronchiectasis). The severity of clinical complications correlated quantitatively with the immunophenotype. Analysis of cellular proteome We have designed technics which allow for highly multiplexed (>1000 of antibodies) analysis of human proteome using af- finity proteomics. We analyzed the changes of proteome of human cell lines and characterized the proteome of acute leukemias. The yet undescribed stability of proteome with respect the sub-cellular localization is shown and theoretical and practical background for antibody standardization and validation for the use in affinity proteomics is presented. Topological analysis of cytometry data Multiparametric flow cytometry allows for description of complex topological relationships of the cells in different...

V této práci p edstavujeme nové metody anal˝zy a integrace cytometrick˝ch dat ze öirokého spektra problém se vztahem k imunodeficiencím a poruchám krvetvorby. CVID 6 (respektive 8) barevná pr toková cytometrie je pouûita k imnuno- fenotypizaci rozsáhlé kohorty (88) CVID pacient . Automatická anal˝za "pro- bability binning" ukazuje stabilitu a vnit ní provázanost imunofentotypu CVID pacient . Definovali jsme podskupinu CVID pacient , která vykazuje v˝raznou senescenci, aktivaci imunitního systému a podobn˝ klinick˝ obraz (trombocyto- penie, plicní fibróza a bronchiektázie), kter˝ kvantitativn koreluje s imunofeno- typem. Anal˝za bun ného proteomu Vytvo ili jsme techniky, které umoû ují multiplexní (tisíce protilátek najednou) anal˝zu lidského proteomu pomocí afi- nitní proteomiky, rychlou anal˝zu a zpracování dat. Tyto techniky jsme apliko- vali na anal˝zu zm n proteomu lidsk˝ch bun n˝ch linií a charakterizaci prote- omu akutních leukemií. Ukazujeme dosud nepopsanou stabilitu proteomu v rámci subcelulárních lokalizací a prezentujeme teoretick˝ a praktick˝ základ pro stan- dardizaci a validaci protilátek pro pouûití v afinitní proteomice. Topologická anal˝za cytometrick˝ch dat Multiparametrická hmotnostní cytometrie umoû uje popsat sloûité topologické vztahy bun k v r zn˝ch v˝vo- jov˝ch stádiích....