Molecular epidemiological analysis of carbapenem resistant isolates of Enterobacteriaceae and Pseudomonas spp.

Abstract

Currently, the development of bacterial resistance is one of the major healthcare problems. Especially, the significant continuous increase of carbapenem-resistant Gram-negative bacteria, which most often affected seriously ill hospitalized patients, is a cause for great concern. Worldwide dissemination of carbapenemase-encoding genes is largely associated with mobile genetic elements and the clonal spread of high-risk clones. The dissertation thesis is focused on a molecular-epidemiological mapping of carbapenemase-positive Gram-negative isolates detected in hospital settings throughout the Czech Republic. Since 2015, a significant increase of carbapenemase-producing Enterobacteriaceæ (CPE) was detected in our country, mainly attributed to the dissemination of OXA-48 and NDM enzymes. Studies focusing on the first big outbreaks as well as sporadic cases of OXA-48 and NDM carbapenemases were performed. Results showed that blaOXA-48-carrying plasmids, which are derivatives of the archetypal IncL plasmid pOXA-48 originally described in Turkey, play a major role in the dissemination of OXA-48 enzymes in Czech hospitals. This finding is in agreement with the data from previous studies reported worldwide. The study of NDM-positive isolates revealed that IncX3 plasmids are the main factor contributing to the...

Rozvoj a šíření antibiotické rezistence představuje jeden z nejzávažnějších medicínských problémů současnosti. Pokračující vzestup incidence karbapenem-rezistentních gramnegativních izolátů, které často postihují vážně stonající pacienty, je reálným důvodem k obavám. Celosvětová diseminace karbapenemáz je významně spojena s přenosem genů rezistence prostřednictvím mobilních genetických elementů a klonálním šíření epidemiologicky úspěšných kmenů. Zaměřením této disertační práce je molekulárně-epidemiologická analýza gramnegativních karbapene- máza-pozitivních kmenů zachycených v nemocnicích na území České republiky. Od roku 2015 byl v České republice zaznamenán signifikantní nárůst incidence karbapenemáza-pozi- tivních Enterobacteriaceæ (CPE), převážně způsobený rozšířením enzymů OXA-48 a NDM. Podařilo se nám zmapovat první velké epidemické epizody a sporadické izoláty detekované v ČR. Výsledky studie zaměřená na enzymy OXA-48-like prokázaly, že plasmidy nesoucí gen blaOXA-48, které byly identifikovány jako deriváty archetypálního IncL plazmidu původně detekovaného v Turecku, hrají hlavní roli v šíření enzymu OXA-48 v českých nemocnicích. Toto zjištění je ve shodě s výsledky publikací z ostatních zemí světa. Studie zabývající se NDM-pozitivními izoláty prokázala, že IncX3 enzymy představují hlavní...