http://hdl.handle.net/20.500.11956/1940 Theses Thu, 09 Apr 2026 06:03:48 GMT 2026-04-09T06:03:48Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/106557 Regulatory mechanisms in normal and malignant granulopoiesis Neutrophils, known primarily as key players in defense against invading pathogens, represent an essential component of both the innate and adaptive immunity. Continuous production of large quantities of neutrophils is ensured by a complex process termed granulopoiesis. In order to maintain a stable neutrophilic population, granulopoiesis requires to be tightly regulated. Moreover, impaired granulopoiesis may lead to aberrant bone marrow function and, ultimately, give rise to acute myeloid leukemia (AML). Despite decades of research, the mechanisms regulating granulopoiesis are still unclear. In particular, the CCAAT/enhancer binding protein (C/EBP) family of transcription factors plays a critical role in this process. C/EBPα acts as a master regulator of granulopoiesis mainly by orchestrating expression of its target genes, which will mediate granulocytic differentiation. Thus, characterization of novel C/EBPα target genes is critical for a better understanding of the molecular mechanisms that regulate granulopoiesis. Previously, we showed that another C/EBP member, CEBPG, is a direct target of C/EBPα. In the first part of the present work, we addressed the unknown role of C/EBPγ in granulopoiesis. We observed that Cebpg conditional knockout (KO) mice, which have the Cebpg gene ablated specifically...; Neutrofily, známé hlavně jako klíčové buňky přítomné při obraně proti patogenům, představují nedílnou součástí přirozené ataké adaptivní části imunitního systému. Nepřetržitá produkce velkého množství neutrofilů je zajišťována komplexním procesem zvaným granulopoeza. Aby bylo možné udržovat stabilní počet neutrofilů, granulopoeza musí být přesně regulována. Narušená regulace granulopoezy může vést k poškození funkčnosti kostní dřeně, a nakonec až k vzniku akutní myeloidní leukemie (AML). Ani desetiletí výzkumu neobjasnili mechanizmy regulace granulopoezy úplně. Bylo však prokázáno, že rodina transkripčních faktorů zvaná CCAAT/enhancer binding protein (C/EBP) je v tomto procesu důležitá. Transkripční faktor C/EBPα funguje jako jeden z hlavních regulátorů granulopoezy tím, že řídí expresi mnohých genů zabezpečujících diferenciaci granulocytů. Pro pochopení molekulárních mechanizmů regulujících granulopoezu je proto důležitá charakterizace nových genů, které jsou řízené transkripčním faktorem C/EBPα. V předchozí studii jsme prokázali, že jiný člen C/EBP rodiny, CEBPG, je cílovým genem transkripčního faktoru C/EBPα. V první části této práce jsme zkoumali dosud neznámou roli transkripčního faktoru C/EBPγ v granulopoeze. Naše pozorování ukázala, že Cebpg knockout (KO) myši, které měly gen Cebpg... Tue, 01 Jan 2019 00:00:00 GMT http://hdl.handle.net/20.500.11956/106557 2019-01-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/207675 Mechanism of zebrafish erythroid cell reprogramming Hematopoiesis is the process in which mature hematopoietic cells are generated by proliferation and differentiation of hematopoietic stem cells (HSCs). According to the hierarchical model of hematopoiesis, multipotent HSCs can undergo self-renewal and differentiation into erythroid, myeloid or lymphoid lineage. However, under certain conditions, already committedcells can transdifferentiate orreprogram into anothercell type. Here, we are using unique model of immortalized transgenic gata1:dsRedzebrafish erythroid burst (ZEB) progenitor cell line to reprogram erythroid cells into myeloid lineage. Our aim was to describe this reprogramming and propose the mechanism of this switch. ZEB cells have differentiation block and we tried to differentiate them into erythrocytes using some promising molecules. These cells are dependent only on erythropoietin (Epo), which is essential for erythroid cell development. However, after replacement of Epo by granulocyte colony-stimulating factor (Gcsf), important cytokine for granulocytes and stem cell production, the cells are able to undergo erythro-myeloid switch. We are able to observe changes in granularity, size and morphology betweenoriginal (erythroid) and reprogrammed (myeloid) cells. Based on morphology and expression profile, we concluded, that...; Hematopoéza je proces, ve kterém proliferací a diferenciací hematopoetických kmených buněk (HSCs) vznikají buňky zralé. Dle hierarchického modelu hematopoézy, multipotentní HSCs mohou podstoupit sebeobnovu a diferenciaci do erythroidní, myeloidní a lymphoidní linie. Buňky, které mají již předurčený osud, mohou za určitých podmínek transdiferencovat nebo se reprogramovat do jiných buněčných typů. V této práci používáme unikátní model rybí imortalizované transgenní gata1:dsRed linie erythroidních progenitorů (ZEB buňky), abychom reprogramovali erythroidní buňky do myeloidní linie. Naším cílem bylo popsat reprogramaci a navrhnout její mechanismus. ZEB buňky mají diferenciační blok a my jsme se je pokusili diferencovat do erytrocytů s použitím některých slibných molekul. Tyto buňky jsou závislé pouze na erytropoetinu (Epo), který je důležitý pro vývoj erythroidních buněk. Poté, co se vymění Epo za faktor stimulující kolonie granulocytů (Gcsf),což je cytokin důležitý pro granulocyty a produkci kmenových buněk,jsou buňkyschopné podstoupit změnuosudu z erythroidních buněkdo myeloidních. Jsme schopni pozorovat změny v granularitě, velikosti a morfologii mezi původními (erythroidními) a reprogramovanými (myeloidními) buňkami. Na základě morfologie a expresníhoprofilu jsme došli k závěru, že reprogramované... Thu, 01 Jan 2026 00:00:00 GMT http://hdl.handle.net/20.500.11956/207675 2026-01-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/207674 Trehalose utilisation in orchid family and evolution of trehalase genes Klíčení a raný vývoj orchidejí jsou závislé na mykorhizních houbách jako na primárním zdroji uhlíku a živin. Zásadním mechanistickým problémem orchidejové mykorhizy je vysvětlení toho, jak orchideje během svého obligátně mykotrofního raného vývoje získávají přístup k houbovým zásobám sacharidů. Tato disertační práce ve formátu thesis by publication syntetizuje čtyři studie, které se zabývají časnými heterotrofními fázemi vývoje orchidejí a dvě z nich se přímo zaměřují na otázku, jak se uhlík houbového původu může stát pro orchideje využitelným během heterotrofního vývoje, přičemž trehalóza je zde použita jako hlavní kandidátní molekula, protože je u hub hojně zastoupena, zatímco u většiny rostlin je její metabolismus silně omezen. Napříč fylogeneticky širokým souborem orchidejí trehalóza, podaná jako jediný rozpustný zdroj uhlíku, podporuje vývoj protokormů a za srovnatelných podmínek často vykazuje účinnost srovnatelnou se sacharózou nebo glukózou. Funkční inhibice poskytuje klíčovou mechanistickou interpretaci: inhibice trehalázy blokuje vývoj podporovaný trehalózou a zastavuje symbiotický růst protokormů, což ukazuje, že aktivita trehalázy je nezbytná pro využití uhlíku odvozeného z trehalózy. Tomu odpovídá i prostorová asociace aktivity trehalázy s mykorhizními strukturami a detekovatelná...; Klíčení a raný vývoj orchidejí jsou závislé na mykorhizních houbách jako na primárním zdroji uhlíku a živin. Zásadním mechanistickým problémem orchidejové mykorhizy je vysvětlení toho, jak orchideje během svého obligátně mykotrofního raného vývoje získávají přístup k houbovým zásobám sacharidů. Tato disertační práce ve formátu thesis by publication syntetizuje čtyři studie, které se zabývají časnými heterotrofními fázemi vývoje orchidejí a dvě z nich se přímo zaměřují na otázku, jak se uhlík houbového původu může stát pro orchideje využitelným během heterotrofního vývoje, přičemž trehalóza je zde použita jako hlavní kandidátní molekula, protože je u hub hojně zastoupena, zatímco u většiny rostlin je její metabolismus silně omezen. Napříč fylogeneticky širokým souborem orchidejí trehalóza, podaná jako jediný rozpustný zdroj uhlíku, podporuje vývoj protokormů a za srovnatelných podmínek často vykazuje účinnost srovnatelnou se sacharózou nebo glukózou. Funkční inhibice poskytuje klíčovou mechanistickou interpretaci: inhibice trehalázy blokuje vývoj podporovaný trehalózou a zastavuje symbiotický růst protokormů, což ukazuje, že aktivita trehalázy je nezbytná pro využití uhlíku odvozeného z trehalózy. Tomu odpovídá i prostorová asociace aktivity trehalázy s mykorhizními strukturami a detekovatelná... Thu, 01 Jan 2026 00:00:00 GMT http://hdl.handle.net/20.500.11956/207674 2026-01-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/207672 Speciation in protists: A case study of the freshwater alga Synura Protists are an exceptionally diverse and ecologically significant group of organisms, yet the mechanisms driving their diversification remain insufficiently understood. Accordingly, this thesis investigates the spatial, historical, and environmental factors that are the most important in shaping protist diversification. To unravel these processes, we combined morphological, ecological, phylogenetic, and population-genomic approaches, allowing us to trace speciation on various levels, from species diversification to fine-scale population structure. Specifically, we focused on the chrysophyte genus Synura (Stramenopiles), a freshwater alga characterized by highly morphologically variable siliceous scales. We identify the median keel on the scales as a key innovation in the morphological evolution, which coincides with major radiations within the genus. Several traits, such as decreasing scale roundness and pore diameter, show gradual change in scale evolution, whereas other traits remain constant across all Synura species, indicating architectural constraints. As a consequence of scale biogenesis, smaller basal holes are present on scales with spines than on those with a keel. Strengthening the scale against breakage could be evolutionarily advantageous, and so we also prove that the keel area is...; Protista jsou mimořádně rozmanitá a ekologicky významná skupina organismů, avšak mechanismům, které vedou k jejich diverzifikaci, dosud příliš nerozumíme. Tato práce proto zkoumá prostorové, historické a environmentální faktory, které mají největší vliv na diverzifikaci protist. Abychom tyto procesy objasnili, kombinovali jsme morfologické, ekologické, fylogenetické a populačně-genomické přístupy, což nám umožnilo sledovat speciaci na různých úrovních, od diverzifikace druhů až po jemnou populační strukturu. Konkrétně jsme se zaměřili na zlativkový rod Synura (Stramenopiles), sladkovodní řasu charakteristickou značně morfologicky variabilními křemičitými šupinami. Střední kýl na šupinách identifikujeme jako klíčovou inovaci v morfologické evoluci, která se shoduje s významnou radiací v rámci rodu. Několik znaků, jako je snižující se kruhovitost šupin a průměr pórů, vykazuje postupnou změnu v evoluci šupin, zatímco jiné znaky zůstávají konstantní u všech druhů Synura, což naznačuje architektonická omezení. Jako důsledek biogeneze šupin jsou na šupinách s ostny přítomny menší bazální otvory než na šupinách s kýlem. Evoluční výhodou by mohlo být i zvýšení mechanické odolnosti šupiny, což podporuje zjištění, že plocha kýlu je úměrná ploše šupiny a protáhlé šupiny mají vyšší počet žeber. Pravděpodobnost... Thu, 01 Jan 2026 00:00:00 GMT http://hdl.handle.net/20.500.11956/207672 2026-01-01T00:00:00Z